Elektroforesis gel adalah salah satu metode utama yang digunakan dalam biologi molekuler untuk analisis DNA. Metode ini melibatkan migrasi fragmen DNA melalui gel, di mana mereka dipisahkan berdasarkan ukuran atau bentuk. Namun, bahkan metode ilmiah seperti elektroforesis gel tidak kebal terhadap kesalahan.
Cara Kerja Elektroforesis
•••Jezperklauzen/iStock/Getty Images
Elektroforesis gel melibatkan penggunaan gel yang biasanya terbuat dari polimer seperti agarosa. Gel direndam dalam larutan buffer yang menghantarkan medan listrik. Sampel DNA yang diinginkan pertama-tama difragmentasi menggunakan enzim restriksi dan kemudian disuntikkan ke dalam gel. Ketika medan listrik dihidupkan, fragmen DNA dalam gel bermigrasi ke arah elektroda positif. Jika fragmen DNA memiliki ukuran yang berbeda, maka waktu migrasi akan berbeda untuk setiap fragmen ukuran. Fragmen kemudian divisualisasikan menggunakan pewarna atau autoradiografi dan terlihat sebagai pita dalam gel.
Kontaminasi Sampel
•••aiaikawa/iStock/Getty Images
Aplikasi utama elektroforesis adalah sebagai alat untuk analisis DNA dalam biologi molekuler, tetapi juga digunakan dalam forensik sebagai sarana untuk mengidentifikasi sampel dari TKP. Penting bahwa sumber kesalahan dalam teknik ini diminimalkan untuk mendapatkan hasil yang akurat. Salah satu sumber kesalahan adalah kontaminasi sampel DNA. Jika ada DNA asing dalam sampel, gel akan memiliki lebih banyak pita daripada yang ditemukan dalam gel yang hanya berisi sampel yang dimurnikan.
Masalah dengan Gel, Arus dan Buffer
•••IndiaImages/iStock/Getty Images
Konsentrasi gel juga harus benar untuk menghindari kesalahan. Jika konsentrasi terlalu tinggi atau terlalu rendah, fragmen akan bermigrasi terlalu lambat atau terlalu cepat. Ini akan menyebabkan kesalahan dalam menyelesaikan band yang berbeda. Selama elektroforesis berjalan, perawatan harus dilakukan untuk memastikan bahwa tegangan stabil. Setiap fluktuasi tegangan akan mengakibatkan migrasi fragmen DNA yang tidak stabil, yang menyebabkan kesalahan dalam membaca pita. Larutan buffer juga harus memiliki komposisi yang benar, karena buffer dengan pH atau konsentrasi ion yang salah akan mengubah bentuk fragmen DNA, juga mengubah waktu migrasinya.
Visualisasi yang tepat
•••Penerbitan Ingram/Penerbitan Ingram/Getty Images
Yang terpenting, gel harus divisualisasikan dengan benar. Jika konsentrasi pewarna atau probe radioaktif yang digunakan untuk memvisualisasikan sampel terlalu tinggi, gambar yang dihasilkan akan sangat berantakan, karena fragmen residu juga akan divisualisasikan. Jika konsentrasi gel terlalu rendah, tidak akan ada visualisasi. Ketika proses yang benar telah diikuti selama semua tahap, elektroforesis gel akan menghasilkan hasil yang akurat dan dapat digunakan dengan sangat percaya diri. Seperti semua prosedur ilmiah, elektroforesis gel dapat rentan terhadap kesalahan, tetapi ini dapat diminimalkan dengan persiapan dan penanganan yang tepat.