Alel adalah kemungkinan urutan pengkodean gen. Kesalahpahaman umum atau terminologi yang salah adalah bahwa ada gen untuk sifat-sifat tertentu. Gen memang mengendalikan sifat-sifat yang berbeda dari suatu organisme, seperti warna rambut atau warna mata, tetapi ekspresi sebenarnya dari suatu sifat tergantung pada alel mana yang dominan. Misalnya, gen untuk warna mata pada manusia dapat memiliki satu alel untuk mata cokelat dan satu alel untuk mata biru, atau satu alel untuk mata cokelat dan satu untuk mata hijau. Manusia, serta bentuk kehidupan lain yang memiliki dua salinan dari setiap kromosom, juga memiliki dua salinan dari setiap gen untuk menyimpan alel.
Dua salinan gen, satu di setiap kromosom, masing-masing berisi alel. Homozigositas terjadi ketika dua salinan gen mengandung alel yang sama untuk fenotipe tertentu, atau sifat yang diekspresikan. Heterozigositas terjadi ketika dua alel berbeda. Fenotipe dapat bersifat dominan atau resesif. Jika fenotipe dominan, hanya satu alel untuk itu yang perlu ada. Jika resesif, kedua alel harus ada.
Menurut Kantor Pendidikan Negara Bagian Utah, kotak Punnett dapat digunakan untuk memprediksi probabilitas bahwa genotipe tertentu akan terjadi pada keturunan dengan mengambil alel dari kedua orang tua dan menggabungkan mereka. Genotipe akan mempengaruhi fenotipe, tergantung pada apakah alel dominan atau resesif. Kotak dasar Punnett dibagi menjadi empat kotak yang lebih kecil. Kemungkinan gen dari satu orang tua terdaftar di atas dua kotak teratas, yang lain di sampingnya akan turun secara vertikal di sisi kiri. Huruf kapital menunjukkan alel dominan, dan huruf kecil menunjukkan alel resesif. Misalnya, gen dominan homozigot untuk mata coklat akan ditulis sebagai BB, dan gen heterozigot sebagai Bb. Gen resesif homozigot akan ditulis sebagai bb. Dengan mengambil huruf-huruf yang bersebelahan dengan setiap bujur sangkar, untuk persilangan Bb x Bb, peluang suatu genotipe BB adalah 25 persen, Bb 50 persen dan bb 25 persen. Dalam hal fenotipe, keturunannya memiliki peluang 75 persen untuk memiliki mata cokelat karena mata cokelat adalah fenotipe yang dominan, menurut sciencekidsathome.com.