Mungkin cara terpenting yang membedakan spora kapang dari endospora bakteri adalah bahwa kapang diklasifikasikan sebagai apa yang disebut jamur tingkat tinggi. Karena itu, mereka menampilkan apa yang oleh para ahli biologi disebut sebagai tipe sel eukariotik. Endospora bakteri di sisi lain terbentuk dari bakteri yang — sebagai kelompok — diklasifikasikan memiliki tipe sel prokariotik. Perbedaan antara sel prokariotik dan sel eukariotik adalah perbedaan mendasar dalam biologi. Dalam istilah yang paling sederhana, sel bakteri secara struktural jauh lebih sederhana.
Sel eukariotik—seperti yang ada pada spora kapang—penuh dengan kompleks struktur seluler yang disebut organel. Organel menjalankan segala macam fungsi sel dan salah satu organel yang paling mencolok adalah nukleus. Inti sel eukariotik dari spora jamur mengandung DNA yang memungkinkan sel berfungsi dan bereproduksi. Ini berbeda dengan endospora bakteri di mana DNA sedikit banyak bebas di sitoplasma sel.
Selain nukleus, sel spora kapang eukariotik mengandung organel seperti retikulum endoplasma atau RE. RE pada dasarnya seperti labirin membran terlipat di mana banyak proses biokimia penting untuk sel dilakukan. Dalam spora jamur, RE terhubung ke selubung inti, membran yang mengelilingi inti sel. Dalam endospora bakteri pengaturan ini kurang.
Endospora bakteri hampir tidak memiliki tingkat kecanggihan seluler yang ada dalam spora jamur eukariotik. Perbedaan lain antara endospora bakteri dan spora jamur—selain perbedaan tipe sel yang mendasar—adalah peran yang mereka mainkan dalam sejarah kehidupan organisme masing-masing. Endospora bakteri adalah struktur resisten yang terbentuk di dalam sel bakteri. Tidak seperti spora jamur, endospora bakteri secara khusus disesuaikan untuk menahan kondisi lingkungan yang merugikan. Fitur utama dari endospora bakteri adalah senyawa yang disebut asam dipikolinat. Senyawa ini, meskipun tidak lazim dalam spora kapang, berperan penting dalam memediasi ketahanan endospora bakteri terhadap kondisi lingkungan yang merugikan.
Ada banyak perbedaan lain antara endospora bakteri dan spora jamur. Kebanyakan dari mereka, sekali lagi, berkaitan dengan perbedaan mendasar antara sel eukariotik dan prokariotik. Banyak organel lain selain yang telah dijelaskan terdapat dalam spora kapang tetapi tidak ada dalam endospora bakteri. Ini termasuk struktur yang disebut aparatus Golgi dan yang lainnya seperti yang disebut nukleolus. Nukleolus adalah struktur di dalam inti sel eukariotik dan aktif dalam sintesis protein yang penting untuk fungsi sel. Endospora bakteri melakukan banyak fungsi kehidupan penting yang sama seperti spora jamur tetapi mereka melakukannya tanpa manfaat organel canggih yang ditampilkan dalam spora jamur.