Menginkubasi berarti mempertahankan suhu yang disetel. Inkubasi telur bebek adalah periode waktu antara saat telur dihangatkan ke suhu yang benar setelah bertelur dan saat menetas. Inkubasi adalah masa perkembangan embrio bebek di dalam telur.
Menurut Departemen Ilmu Hewan di Oklahoma State University, sebagian besar spesies bebek domestik, seperti bebek pekin, diinkubasi selama 28 hari hingga menetas. Bebek entok membutuhkan waktu 35-37 hari.
Bebek liar juga mengerami telurnya selama sekitar 28 hari. Karena bebek betina membutuhkan beberapa hari untuk menghasilkan semua telurnya, dia tidak akan mulai "duduk" di sarangnya untuk menetaskan telur sampai telur terakhir diletakkan, untuk memastikan mereka menetas sekitar waktu yang sama lain.
Melvin L. Hamre, seorang ilmuwan hewan di University of Minnesota Extension Office, mengatakan bahwa telur harus dibalik 3 hingga 5 kali sehari, hingga tiga hari sebelum menetas. Telur bebek mungkin membutuhkan kelembapan yang lebih tinggi daripada telur ayam saat mengerami, dan mungkin cocok dengan penyiraman air hangat setiap hari. Hal ini meningkatkan hilangnya kelembaban di membran telur, memungkinkan kantong udara yang lebih besar di dalam telur.
Perkembangan embrio bebek dapat ditunda selama sekitar satu minggu sebelum inkubasi dengan menjaga telur pada suhu 55-60 F (13-15 C). Perkembangan embrio tidak dimulai sampai telur dihangatkan ke suhu yang tepat. Masa inkubasi dimulai setelah telur mencapai suhu yang tepat yaitu 99,5 F (37,5 C).