Ada banyak jenis ekosistem yang berbeda. Ekosistem perairan membentuk sebagian besar ekosistem dunia dan dapat diklasifikasikan sebagai ekosistem air tawar atau ekosistem laut. Penghuni tipe ekosistem apa pun akan disesuaikan untuk bertahan hidup dalam serangkaian kondisi tertentu yang disajikan oleh ekosistem tersebut.
Ekosistem adalah komunitas yang disatukan oleh interaksi kompleks antara faktor biotik dan abiotik di area tertentu. Faktor biotik suatu ekosistem adalah bagian hidup seperti tumbuhan, hewan, bakteri dan jamur. Faktor abiotik termasuk tanah, air dan benda mati lainnya yang ada di lingkungan. Ekosistem bisa sebesar gurun atau sekecil kolam pasang surut. Hanya akan ada makhluk hidup sebanyak yang dapat didukung oleh persediaan makanan. Interaksi seperti predator-mangsa dan hubungan jaring makanan menentukan populasi suatu ekosistem. Setiap makhluk hidup memiliki peran yang harus dipenuhi yang berkontribusi pada keberhasilan dan kelangsungan hidup ekosistem secara keseluruhan.
Istilah kelautan mengacu pada ekosistem yang berhubungan dengan lautan. Menurut Badan Perlindungan Lingkungan, EPA, ekosistem laut membentuk sekitar 70 persen dari ekosistem dunia. Ekosistem laut unik karena senyawa terlarut tersuspensi di dalam air, terutama garam. Organisme sekecil plankton mikroskopis dan sebesar paus menghuni berbagai jenis ekosistem laut. Ekosistem laut meliputi lautan, muara dan rawa asin, terumbu karang, hutan bakau, laguna, padang lamun rumput laut dan zona intertidal yang membentang ke pantai.
Ada banyak jenis ekosistem air tawar. Sungai, danau, kolam dan sungai adalah sumber air tawar yang paling umum. Waduk, lahan basah, dan sumber air tanah juga dianggap sebagai ekosistem air tawar. Ekosistem air tawar tidak mengandung zat terlarut yang sama di dalam air seperti halnya ekosistem laut, sehingga hewan dan tumbuhan yang hidup di sana tidak akan bertahan hidup di ekosistem laut. Karena air tawar tidak mengandung garam, maka lebih rentan terhadap pembekuan dan pencairan. Tumbuhan dan hewan air tawar telah beradaptasi untuk bertahan dalam proses ini. Mereka juga memiliki struktur pernapasan yang disesuaikan secara khusus untuk air tawar dan telah mengembangkan perilaku reproduksi dan makan yang memungkinkan mereka untuk bertahan hidup dengan sukses di lingkungan mereka.