A gélelektroforézis során a DNS vagy a fehérjék mintáit - tipikusan a méret alapján - elválasztják egy elektromos mező alkalmazásával, amely miatt gélen keresztül vándorolnak. A gélelektroforézis alkalmazása az orvostudományi kutató laboratóriumokban rutinszerű, és különféle kérdések megválaszolására szolgál, így nincs igazán univerzális módszer az eredmények elemzésére.
Különböző technikák, például Western-blot, Northern-blot és Southern-blot, magukban foglalják gélelektroforézis.
Ha csinálod agaróz gél a DNS-minták elektroforézise, a leggyakoribb eljárás, általában legalább két dolgot kell tennie: 1) meg kell különböztetni a vágatlan inszertekből származó plazmidok, ragasztott plazmidok és hasított plazmidok, és 2) megbecsülik a különböző DNS-fragmensek méretét standard görbével Excel vagy számológép.
Ellenőrizze laboratóriumi jegyzetfüzetét, hogy meghatározza, melyik minta melyik sávba került. Amikor betöltötted a lyukakat a géledhez, fel kell tüntetned az egyes sávok / minták azonosítóját.
Vonalzó segítségével mérje meg a képen a kutak és a nyomkövető festék közötti távolságot, amely meg fogja tenni a DNS-sávok bármelyikénél messzebbre utaztak (más szóval, ez a DNS alján lesz gél). Jegyezze fel ezt a számot - az Ön által használt egységek nem fontosak.
Mérje meg a képen lévő távolságot a kutaktól a "létra" mindegyik sávjáig, majd ossza el ezt a távolságot a nyomkövető festék Zenekar. Ez a számítás megadja az egyes sávok relatív mobilitását.
Példa: Tegyük fel, hogy a nyomkövető festéksáv 6 hüvelykes távolságot tett meg, és három olyan sávunk van, amelyek 5, 4,5 és 3,5 hüvelyket tettek meg.
Mi a relatív mobilitásuk? Válasz: Az 5, 4,5 és 3,5 értékeket elosztjuk 6-mal, hogy 0,833, 0,75 és 0,5833 relatív mobilitást kapjunk.
A gyártó megadja az általuk szállított létrák egyes darabjainak méretét, ezért már rendelkeznie kell ezzel az információval.
A táblázatos program Trendline függvényével illeszthet egy egyenletet az adatokhoz. Ennek az egyenletnek teljesítményegyenletnek kell lennie (pl. X ^ -2), és viszonylag jól illeszkednie kell az adatokhoz (R-együttható legalább 0,9). Ez létrehoz egy görbét és egy standard görbét Excel.
Ne feledje, hogy a kisebb DNS-fragmensek messzebbre jutnak a gélen, mint a nagy DNS-fragmensek, így a legkisebbek lesznek a nyomkövető festékhez legközelebb. Ne feledje azonban, hogy ha plazmid A (kör alakú) DNS vágatlan, "szupercsavarodik" vagy csavarodik, mint egy telefonkábel, ami valójában utazni fogja messzebb mint az azonos méretű lineáris DNS.
Hasonlóképpen, egy "nickelt" plazmid, amelyet nem teljesen vágtak le, a rövidebb távolság, mint az azonos méretű lineáris DNS. Következésképpen a gélből nem tudja megbecsülni a vágatlan plazmidok méretét.
Illessze össze az egyes sávok sávjait az adott sávba betöltött minta azonosítójával, és állapítsa meg, hogy amit lát, azt várta volna. Ez a kísérlet jellegétől függ.
Általában azonban, ha egy inszert plazmidot két restrikciós enzimmel emésztett meg, akkor azt várhatta, hogy az inzert felszabadul a plazmidtól.
Mivel sokkal kisebb, mint a plazmid, két sávot lehet látni abban a sávban, az egyiket a teteje közelében, a másikat pedig lent az alja közelében. A csak egy restrikciós enzimmel kivágott plazmidnak csak egyetlen sávot kell alkotnia, amely valamivel messzebb halad, mint a kettővel vágott plazmid restrikciós enzimek, de közel sem a betétig.
Mérje meg a lyukak és a kivágott plazmid közötti távolságot, és helyezzen be szalagokat vonalzójával. Osszuk el ezeket a számokat a nyomkövető festék által megtett távolsággal, hogy megtaláljuk az inszertek és a vágott plazmidok relatív mobilitását.