A 19. században a taxonómia - az élő organizmusok osztályozása - nagy düh volt a biológiában. Az amatőr és a hivatásos természettudósokat is annyira magával ragadta a lények gyűjtésének és azonosításának őrülete, a ritka bogarak forró áruk voltak. Abban az időben még keveset tudtak a mikroorganizmusokról és azok helyéről az élőlények világában, és a mikrobiológia osztályozása nem kapott akkora figyelmet. A közbeeső évtizedekben drámai módon megnőtt a mikrobák ismerete és a mikrobiológiai módszerek - a mikroorganizmusok azonosítása, ennek a növekedésnek egy részével a mikroorganizmusok.
A taxonómia elemei
A taxonómiának három eleme van: nómenklatúra, osztályozás és azonosítás. A nómenklatúra egyszerűen nevet rendel egy fajhoz. A besorolás a fajokat a közös jellemzők szerint csoportosítja - amelyek egy része fizikai, más része pedig biokémiai. Az azonosítás egy szervezet jellemzőinek felhasználásával határozza meg, hogy hol tartozik egy osztályozási sémába. A modern taxonómiai rendszer legnagyobb, leginkább befogadó csoportja a domainek. A legkisebb csoport a faj. A leginkább befogadótól a legspecifikusabbig a szintek így futnak: tartomány, királyság, törzs, osztály, rend, család, nemzetség és faj. Ön például az Eukarya Animalia Chordata Mammalia prímás Hominidae Homo sapiens.
Mikroorganizmusok és domének
A mikroorganizmusok rendkívül sokfélék. Nem egy adott szerkezet vagy funkció határozza meg őket, hanem egyszerűen a méretük. A mikroorganizmusok annyira különbözőek, hogy mind a három különböző felső szintű besorolásba tartoznak - mindhárom terület. Az egyik domén a baktérium, a másik az archeák, a végső pedig az eukarya. A baktériumok és az archaea domének minden tagja egysejtű mikroorganizmus. Mindkettő sejt nélkül van membrán nélkül, amely elválasztaná genetikai anyagát a sejt többi részétől - a magot meghatározó membránoktól. Tehát a baktériumok és az archeák doménjein belül található összes királyság, phyla, osztály, rend, család, nemzetség és faj mikroorganizmus.
Egyhéjú protiszták
Az eukarya olyan szervezetek, amelyek sejtjei tartalmaznak egy magot. Sok eukarióta organizmus egysejtű mikroorganizmus, de sok más - például vörösfafák vagy Ön - nem. Tehát további osztályozásokra van szükség. A Protista királyság az Eukarya tartományban csak egysejtű mikroorganizmusokból áll. A protisztákat három különböző phyla csoportra osztják: négy különböző alga phyla, négy különböző protozoa phyla és két különböző penész phyla. De ezeken a phylákon belül minden organizmus - mind a Protista királyságon belül - mikroorganizmus.
Mikroszkópos gombák
A gomba királyság az Eukarya tartományban található. A gombákban található phyla egy része mikroorganizmusokat tartalmaz. Például a Zygomycota menedék mikroszkopikus kenyérformákat tartalmaz, az Ascomycota pedig élesztőket, valamint mikrobiális növényi kártevőket és parazitákat tartalmaz. A zuzmók egy gomba és egy fotoszintetikus szervezet szimbiotikus együttesei - amelyek részben a Gombák királyságában, részben más királyságokban vagy akár más területeken találhatók.