A Wisconsini Egyetem BioWeb honlapja szerint a PCR-primer rövid, szintetikus oligonukleotid (általában 18 25 bázis hosszúságú), amelyet a DNS specifikus régióinak amplifikálására használnak egy molekuláris biológiai technikában, amelyet polimeráz láncreakciónak neveznek (PCR). Mind a előre, mind a reverz primerre szükség van, amely úgy van kialakítva, hogy a DNS-szál reverz komplementerei legyenek, hogy a kívánt DNS-régióhoz csatlakozzanak és kötődjenek. Amikor a tudósok kutatásokat akarnak végezni egy adott génen vagy a DNS-régión, akkor először PCR-t kell végrehajtaniuk ahhoz, hogy elegendő mennyiségű célterülethez jussanak ahhoz, hogy működjenek együtt. Szükség lehet primer szekvenciák megtervezésére az érdeklődési körzet számára, ha azok korábban publikált kutatások vagy kereskedelmi eszközök révén még nem állnak rendelkezésre.
Szerezze be a gén vagy a DNS-régió érdeklődésére számot tartó nukleotidszekvenciáját, és döntse el, hogy egy fragmenst meddig szeretne amplifikálni. Az előre- és a hátrameneti primert úgy tervezték meg, hogy megkötődjön a kívánt fragmens elején és végén. Jellemzően a hagyományos PCR-módszerek olyan primereket használnak, amelyek egy 100-1000 bázispár közötti régiót szegélyeznek, míg a valós idejű PCR-módszerek körülbelül 50-200 bázispár hosszúságú fragmenseket alkalmaznak.
Döntse el, hogy a sorrendben hol fekszik az alapozó. Például érdemes lehet a helyet a sorozat 5 'vagy 3' vége közelében vagy középen elhelyezni. Kívánt esetben jelölje meg a primerek helyét az intron átívelésére.
Tervezzen alapokat 18-24 bázis hosszúságúak. Vincent R. Prezioso, Ph. D., a Brinkmann Instruments Inc. cégtől azt sugallja, hogy ez a hosszúság elég hosszú ahhoz, hogy rendkívül specifikus legyen a kívánt DNS-régióra, de elég rövid ahhoz, hogy könnyen megkötődjön (lágyuljon). Az alapozó olvadási hőmérsékletének (Tm) 55-80 Celsius-fok között kell lennie, elég alacsonynak kell lennie ahhoz, hogy a teljes olvadás 90 Celsius-fokon vagy annál magasabb legyen, de elég magas ahhoz, hogy lehetővé tegye a hőkezelést. A GC-tartalomnak (a Gs és Cs százalékos aránya a szekvenciában) 40 és 60% között kell lennie. A láncindító szekvencia 3'-végének C-vel vagy G-vel kell végződnie (az úgynevezett GC-szorítónak) a kötődés elősegítése érdekében, mivel a G és C a nukleotidok erősebb kötésekkel rendelkeznek, azonban elkerülhető, hogy három vagy több G vagy Cs legyen a szekvencia utolsó öt bázisában.
Kerülje el, hogy egy vagy több bázisból négy vagy több (például ACCCC ...), vagy négy vagy több dinukleotid ismétlés (pl. ATATATAT ...) futjon, mert ezek hibás feliratozást okozhatnak. Tervezzünk olyan primereket, amelyek nem tartalmaznak primeren belüli homológiát (több mint három bázis, amelyek kiegészítik az egyiket maga primer) vagy primerek közötti homológia (ahol az előremenő és a reverz primer komplementer szekvenciák). Ez öndimereket vagy primer-dimereket okozhat, ahol a primerek önmagukhoz kötődnek ahelyett, hogy a kívánt DNS-szekvenciához kötődnének.
Használjon olyan online forrásokat és weboldalakat, amelyek segítenek az alapozók tervezésében, vagy segítenek ellenőrizni az alapozó szekvenciák önkiegészítő képességét vagy másodlagos struktúrák, például hajtűk létrehozásának lehetőségét. Néhány alapozótervező webhelyen megtalálható a Massachusettsi Műszaki Intézet Primer3, az Országos Biotechnológiai Információs Központ Primer-Blast és az Integrated DNA Technologies OligoAnalyzer.