A trisz vagy trisz (hidroxi-metil) -amino-metán egy általános biológiai puffer, amelyet a DNS-extrakciós folyamat során alkalmaznak. Bármely forrásból történő extrakció során a DNS pH-érzékeny. A sejtek lízise, a nem kívánt sejtkomponensek eltávolítása és a kicsapás során a tris-t használjuk a stabil pH fenntartásához. Ezenkívül különösen fontos szerepet játszik a sejtek lízisében.
TL; DR (túl hosszú; Nem olvastam)
A DNS-extrakció pH-érzékeny folyamat, és egy tris-puffer használata stabilan tartja a pH-t a sejtek lízisén és extrakcióján keresztül.
Tris mint puffer
Mivel a pH-t számos sejttényező befolyásolhatja és befolyásolhatja, a stabil pH fenntartása elengedhetetlen a kísérleti tudomány számára. A biológiai pufferek, mint a trisok, azért fontosak, mert stabil pH-t képesek fenntartani olyan hatások ellenére, amelyek egyébként elmozdíthatják a pH-t. A trisz (hidroxi-metil) -amino-metán, amelynek pKa értéke 8,1, hatékony puffer, pH 7 és 9 között. Semleges tartománya miatt a tris a biológiai laboratóriumokban általánosan használt puffer. A trisz puffer hőmérséklet-érzékeny, és a pontatlanság elkerülése érdekében azon a hőmérsékleten kell használni, amelyen eredetileg pH-értéket adtak.
A sejtek lízise
A lízis, vagyis a sejtek felbontása a DNS-extrakció első lépése. Ezt egy triszet és EDTA-t (etilén-diamin-tetraecetsavat) tartalmazó pufferrel hajtjuk végre. Az EDTA megköti a kétértékű kationokat, például a kalciumot és a magnéziumot. Mivel ezek az ionok segítenek fenntartani a sejtmembrán integritását, EDTA-val való eltávolításuk destabilizálja a membránt. A Tris a fő puffereleme; fő feladata a puffer pH-jának stabil, általában 8,0 ponton tartása. Ezenkívül trisz valószínűleg kölcsönhatásba lép a membrán LPS-jével (lipopoliszacharid), amely a membrán destabilizálását szolgálja további.
A Tris megvédi a DNS-t a pH-eltolódásoktól
Amikor a sejteket szétválasztják, DNS-jük és tartalmuk a pufferbe ömlik. Ezenkívül az RNáz A (elpusztítja az RNS-t), a proteázok (elpusztítják a fehérjéket) és az SDS (nátrium-dodecil-szulfát, szolubilizálja a membránfragmentumokat) gyakran szerepelnek benne. Ez a sejt tartalmú, töredezett RNS és fehérjék levese együttesen nagy hatással lehet az oldat pH-jára. Mivel a DNS pH-érzékeny, fontos, hogy a tris pufferolja a levest, és a pH-t stabil ponton tartsa.
DNS csapadék
A DNS-kivonás utolsó szakaszában magát a DNS-t vonják ki az oldatból. Ezen a ponton a DNS oldódik a pufferben. Az oldatból való kivonáshoz a DNS-t etanol vagy izopropanol (izopropil-alkohol) hozzáadásával oldhatatlanná teszik. Ha ez megtörtént, a DNS fehér oldószerként nyilvánvalóvá válik az oldatban. Bár a DNS ily módon izolálható a megmaradt sejtkomponensektől, nem oldható fel, ha oldhatatlan. Az izolálást követően az alkoholt eltávolítják, és a DNS-t vissza kell juttatni egy biológiai pufferbe, mint a tris, a felhasználáshoz.
Csináld magad
Bár a DNS kivonását általában kutató laboratóriumokban végzik, általában a számos közül az egyik felhasználásával kereskedelemben kapható készletek, bárki végezhet DNS-kinyerést otthon, általános háztartási cikkek és zöld használatával borsó vagy spenót. Ebben az esetben trisz, és semmilyen biológiai puffer nincs jelen, hogy megvédje a DNS-t a pH eltolódásától. Ez azonban vizuális módon segíti a diákokat a sejt DNS-hez való kapcsolódásban.