A gélelektroforézis olyan technika, amely lehetővé teszi a DNS elemzését az alkotó molekulák szintjén. Ebben a DNS-megjelenítési módszerben a mintákat egy agaróz gél-táptalajra helyezzük, és a gélre elektromos teret viszünk. Ez azt eredményezi, hogy a DNS-fragmensek különböző sebességgel vándorolnak át a gélen, az elektrokémiai tulajdonságaiknak megfelelően.
Etídium-bromid
Ehhez a vizualizációs technikához az etidium-bromidot összekeverjük agarózporral, EDTA pufferrel és vízzel, hogy az elektroforézis előtt a gélmátrixot képezzük. Ennek eredményeként az etidium-bromid molekulák egyenletesen szétszóródnak a mátrixban. Miután a gél üregei megtöltötték a megfelelő DNS-mintáikat és nyomkövető festékeiket, feszültséget fektettek a nagy, poláros vegyületek lassú áthúzására a mátrixon.
E mozgás során a DNS-molekulák bázisai az etídium-bromid töltésnek köszönhetően ideiglenesen kötődnek a részecskékhez, és végighúzzák őket. Mire a gélelektroforézis befejeződik, minden DNS-molekula jelentős mennyiségű etídium-bromidot felszed.
Ultraibolya fény jelenlétében az etidium-bromid fluoreszcenciát mutat. A szakemberek egy speciálisan kalibrált UV-fényt sugároznak a gélen, miközben egy gép rögzíti az izzó töredékek képét.
Metilénkék
Ha az UV-transzilluminátor nem áll rendelkezésre vagy praktikus, a szakemberek normál körülmények között láthatóvá tehetik a DNS-t úgy, hogy a kész agarózgélt, benne elektroforizált DNS-sel, metilénkék oldatában éjszakán át áztatjuk.
Jelentősen hidrofób anionos, metilénkék molekulákkal rendelkező klorid-só behatol a teljes gélmátrixba. A hidrogénkötés azonban az egész DNS-ben a foltmolekulákat felhalmozza. Ez a megnövekedett DNS-folt-sűrűség egy mélyebb kék árnyalatot eredményez, amely szabad szemmel látható.
Színezékek nyomon követése
A DNS-sávok relatív méretén túl a technikusok az egyes fragmensek abszolút méretét (bázispárokban) megmérhetik az úgynevezett nyomkövető festékekkel. Metilénkék vagy etidium-bromid hozzáadása nélkül látható, a nyomkövető festékek, például a bróm-fenol-kék és a xilol-cianol, a aragóz gélmátrixok az elektroforézis során ugyanolyan sebességgel, mint a 300 nukleotidból és 4000 nukleotidból álló DNS-fragmensek, illetőleg. Az elektroforézis során a masszívabb DNS-fragmensek lassabban haladnak át a gélmátrixon, mint a kisebb fragmensek. Ezért, míg a nyomkövető festékek nem befolyásolják közvetlenül a DNS-fragmensek láthatóságát, a DNS-fragmens helyzetének összehasonlítása gélben a színezékek helyzetébe, lehetővé téve a technikusok számára, hogy "lássák" a DNS-fragmens hozzávetőleges számú nukleotidját tartalmaz.
