A filogenetikai fa az evolúciós kapcsolatok grafikus ábrázolása, amely bemutatja, hogy az organizmusok hogyan térhettek el a közös őstől. Korábban ezt az élő szervezetek és az ősmaradványok anatómiájának és fiziológiájának összehasonlításával végezték, de ma már általában a DNS nukleotidszekvenciákból származó genetikai információkat használják. A filogenetikai fa különálló „ágain” kevés hasonlósággal bíró organizmus található, és azok, amelyeknek sajátos közös vonásai vannak, ugyanazon ág „gallyain” helyezkednének el. A filogenetikai fa a fajok és az organizmusok evolúciós változásainak megértésére szolgáló módszer.
Válasszon ki egy modellszervezetet a kapcsolat összehasonlításához. Ez megtehető egy fajjal, fajtával vagy nukleotidszekvenciával, amely egy organizmust képvisel. Példa organizmus lehet egy tehén. A fa többi része megmutatja, hogy a tehén genetikai tulajdonságai alapján mennyire szoros kapcsolatban áll más szervezetekkel.
Válasszon ki egy csoportot. Az outgroup kevésbé szoros rokonságban álló organizmus vagy nagyon eltérő nukleotidszekvencia. Ha a mintaszervezet tehén, akkor egy lehetséges outgroup egy hal. Minél több a különbözõ két szervezet, annál mélyebben a filogenetikai fán lesz az elágazó águk. Az idő a legrégebbi dátummal van ábrázolva a diagram alján, a mai nap pedig a diagram tetején. Az ágak elhelyezkedése körülbelül azt mutatja, hogy a múltban egy evolúciós tulajdonság esetleg egy ősi organizmust váltott-e különböző fajokká.
Határozza meg az összehasonlításhoz használni kívánt jellemzőket. Ilyen például a "négy lába", "rágja a cud", "élve születik" vagy "hajat növeszt". A nukleotidszekvenciák igazságosak a DNS ábécé szerinti ábrázolása, amely meghatározza a jellemzőket, ezért egy másik lehetőség lenne: "tartalmazza a szekvenciát ATGGACACGGA. "
Ossza meg az organizmusokat a jellemzők alapján. Ha egy szervezet nem tartalmazza a kívánt tulajdonságot, akkor a filogenetikai fában elágazás történik. A karakterisztikus „négy lábbal” rendelkező tehenek, juhok és szarvasok egy ágon, míg a halak külön ágon helyezkednének el. Illessze be a tehén képét vagy sorozatát a plakáttábla felső sarkába, a halakat pedig a szemközti sarokba, és rajzoljon belőlük két vonalat a metsző V alakban.
Folytassa a modell organizmusok vagy nukleotid szekvenciák szétválasztását, amíg mindegyik példának egyetlen elkülönülése van az ágtól gallygá. A „gyapjú” jellegzetesség különítené el a juhokat az őzektől és a tehenektől. Helyezze a juh képét a hal képe mellé, és rajzoljon egy vonalat, amely V alakban csatlakozik a tehén ágához. A „bolyhos farkú” jellemző használata elhatárolná a tehenet az őzektől. Illessze be a szarvas képét a tehén és a juh közé, és rajzoljon egy másik vonalat egy V alakba, amely metszi a hal és a juh vonala fölött. Amikor minden fajnak egyetlen ága van, akkor a filogenetikai fa elkészült.