Talán a legfontosabb módja annak, hogy a penészspórák eltérjenek a bakteriális endospóráktól, hogy a penészgombákat úgynevezett magasabb gombáknak minősítik. Mint ilyenek azt mutatják be, amit a biológusok eukarióta sejttípusnak neveznek. A bakteriális endospórák viszont olyan baktériumokból alakulnak ki, amelyek - mint csoport - a prokarióta sejttípushoz vannak besorolva. A prokarióta sejt és az eukarióta sejt közötti különbség alapvető a biológiában. A legegyszerűbben fogalmazva, a baktériumsejt szerkezetileg sokkal egyszerűbb.
Az eukarióta sejt - mint a penészspóráké - tele van sejtszerkezetek komplexumával, az úgynevezett organellákkal. Az organellák mindenféle sejtfunkciót ellátnak, és az egyik legszembetűnőbb organella a mag. A penészspórák eukarióta sejtmagja tartalmazza a DNS működését és szaporodását lehetővé tevő DNS-t. Ez ellentétben áll a bakteriális endoszporákkal, amelyekben a DNS többé-kevésbé szabad a sejt citoplazmájában.
A mag mellett az eukarióta penész spórasejt olyan szerves sejteket tartalmaz, mint az endoplazmatikus retikulum vagy az ER. Az ER lényegében olyan, mint a hajtogatott membránok útvesztője, amelyben számos, a sejt számára létfontosságú biokémiai folyamat megy végbe. A penészspórákban az ER kapcsolódik a sejtburokhoz, a sejtmagot körülvevő membránhoz. A bakteriális endospórákban ez az elrendezés hiányzik.
A bakteriális endoszporák gyakorlatilag nem mutatják az eukarióta penészspórákban jelenlévő sejtek kifinomultságának szintjét. A bakteriális endoszpórák és a penészspórák másik megkülönböztetése - alapvető sejttípus-különbségük mellett - az a szerep, amelyet az egyes organizmusok élettörténetében játszanak. A baktérium endospórája egy rezisztens szerkezet, amely a baktérium sejtjeiben képződik. A penészspórákkal ellentétben a baktériumok endospórája speciálisan alkalmas a kedvezőtlen környezeti körülmények ellen. A bakteriális endoszporák egyik legfontosabb jellemzője a dipikolinsav nevű vegyület. Ez a vegyület, bár a penészspórákban nem elterjedt, fontos szerepet játszik a baktériumok endoszporáinak ellenállásában a kedvezőtlen környezeti feltételekkel szemben.
Számos más különbség van a baktériumok endoszporái és a penészspórák között. Legtöbbjük ismét az eukarióta és a prokarióta sejt közötti alapvető különbségtételhez kapcsolódik. A már leírtakon kívül számos más organella van jelen a penész spórájában, de nincs a baktérium endospórájában. Ezek közé tartozik a Golgi-apparátusnak nevezett szerkezet és mások, mint az úgynevezett nucleolus. A nukleolus az eukarióta sejtek magjában található szerkezet, és a sejtfunkció szempontjából kritikus fehérjeszintézisben aktív. A baktériumok endoszporái sok ugyanolyan alapvető életfunkciót látnak el, mint a penészspórák, de ezt a penészspórában megjelenő kifinomult organellák előnyei nélkül teszik.