A szennyvízben található mikroorganizmusok két forrásból származnak - a talajból és az egészségügyi hulladékból. A Mountain Empire Közösségi Főiskola honlapja szerint egy milliliter szennyvíz általában 100 000 és 1 millió mikroorganizmust tartalmaz. Míg ezeknek a szervezeteknek a többsége, mint például a különféle baktériumok, döntő szerepet játszanak a hulladék lebontásában és azok a szerves anyagok szerves alkotóelemének tekinthetők, néhányuk kórokozó vagy betegséget hordozó, és veszélyt jelentenek a lakosságra pusztaság.
Parazita baktériumok
A baktériumok egysejtű organizmusok, amelyek szuszpendált anyagban szaporodnak, például az iszap. Ha tápanyagellátással találkoznak, akkor közvetlenül a sejtfalon keresztül táplálékkal táplálkoznak és gyorsan szaporodnak. A szennyvízben található baktériumok számos típusa közül a legelterjedtebbek a széklet coliformok, amelyek az emberi belekben keletkeznek és emberi kibocsátásokon keresztül utaznak. Ezeknek a parazita baktériumoknak élő organizmusra vagy gazdaszervezetre és könnyen hozzáférhető élelmiszer-ellátásra van szükségük.
Kórokozó baktériumok
A parazita baktériumok specifikus formái olyan toxinokat állítanak elő, amelyek betegségeket okoznak a gazdaszervezetben. Ezeket a kórokozó típusú baktériumokat olyan emberek üríthetik ki, akik dizentériában, kolerában, tífuszban és más bélbetegségekben szenvednek. A szennyvízben általában előforduló kórokozók közé tartozik a Salmonella, Shigella, E. coli, Streptococcus, Pseudomonas aeroginosa, mycobacterium és Giardia Lamblia - írja a Vízminőségi és Egészségügyi Tanács honlapja. A shigellosis kitöréseit a szennyvíz áramlásával szennyezett édesvízi kagylók okozták, amint azt az Egyesült Államok Betegségmegelőzési és Megelőzési Központja megírta. A népesség növekedése és a szennyvízbe történő fokozott kibocsátás miatt az ebből eredő patogén baktériumok bősége elárasztja a természetes bomlási és hígítási folyamatokat.
Szaprofita baktériumok
A szaprofita baktériumok elpusztítják az elhalt szerves anyagokat, ami segít a hulladék szervetlen és szerves melléktermékekre bontásában. Ezek a baktériumok kritikus szerepet játszanak a szennyvíz kezelésében a szerves anyagok bomlási folyamatának megkönnyítésével vagy felgyorsításával. Szaprofita baktériumok nélkül a bomlás nem következhet be. A szaprofita baktériumok különféle fajai elpusztulnak, miután szerepet játszottak a lebontás megfelelő szakaszában.
Vírusok
A szennyvízben található mikrobák között vannak olyan vírusok, amelyek parazita organizmusok, amelyek táplálásához, növekedéséhez és szaporodásához élő anyagokra van szükség. A szennyvízben előforduló patogén vírusok közé tartozik a gyermekbénulás és a hepatitis. Különféle bélvírusok, mint például coxsackie, adenovírus és ECHO, vagy enterális citopátiás emberi árva, szintén megtalálhatók a szennyvízben. A szennyvízben egy másik gyakori vírustípus, amely baktériumokat ragad meg, de embert nem, fágként vagy bakteriofágként ismert. A baktériumokkal ellentétben a szennyvízben kicsi a kórokozó vírusok száma. Becslések szerint egymillió coliform baktérium között egyetlen fertőző vírus létezhet a Mountain Empire Közösségi Főiskola honlapja szerint.