A DNS elemzése különböző típusú molekuláris kísérleteket és biológiai eljárásokat tartalmaz. A DNS törékeny és bonyolult alapanyag, ezért kezeléséhez és elemzéséhez a legjobb minőségű és legtisztább vegyi anyagok előkészítése szükséges. Az elemzéstől függően a DNS vizsgálatában vegyi anyagok százai vesznek részt, a savas és bázikus oldatoktól kezdve a pufferekig és a színezékig. A vegyi anyagok használatának megértése kulcsfontosságú a sikeres kísérletek elvégzéséhez és a pontos, megbízható és reprodukálható eredmények eléréséhez.
Etilén-diamin-tetraacetát DNS-tisztításhoz
Három típusú DNS-t tisztítanak meg tudományos munkák céljából: a genomból származó DNS-t (genomi DNS), a sejt teljes DNS-ét (teljes DNS) vagy plazmidokból, amelyek önszaporodhatnak. A teljes sejt-DNS-tisztítás olyan vegyi anyagokat használ, amelyek lehetővé teszik a sejt számos membránjának elpusztítását a sejt lízise során. A kémiai etilén-diamin-tetraacetátot (EDTA) gyakran használják a magnéziumionok eltávolítására, amelyek szükségesek a a sejtfalak merevsége, aminek következtében ezek olyan mértékben gyengülnek, hogy összeomlanak vagy elszakadnak, felszabadítva a sejt tartalmát és DNS-ét elemzés. Ezenkívül az EDTA megvédi és megőrzi a DNS integritását azáltal, hogy gátolja a sejtben normálisan jelenlévő enzimeket, amelyek felaprózhatják a DNS-t és használhatatlanná tehetik azt.
Magneisum-klorid a DNS-amplifikációhoz
A polimeráz láncreakció (PCR) egy kifinomult elemzési módszer, amelyet egy DNS-molekula több ezer példányának amplifikálására használnak, azonban technikai problémákkal és pontatlanságokkal jár. Ezért sok tudós rutinszerűen végez több különböző PCR-készletet, hogy megtalálják a legoptimálisabb állapotot és paramétereket egy adott érdeklődésre számot tartó gén számára. Az egyik optimalizáláshoz használt vegyi anyag a magnézium, amely stabilizálja a PCR-ben alkalmazott DNS-polimeráz enzimet, és az enzim aktivitásának elengedhetetlen ko-faktoraként működik. A PCR-ekhez a magnéziumot magnézium-klorid puffer formájában használják.
Etidium-bromid a DNS festésére
Az etídium-bromid olyan festék, amely a DNS-hez kötődő nukleotidok közé csúszva kötődik a DNS-hez egy interkalációként ismert eljárás során. Ezt a festéket ezután ultraibolya lámpával meg lehet világítani, így láthatóvá válik az a DNS, amelyhez az etidium-bromid kötődött. Az etidium-bromid megfelelő megjelenítéséhez azonban legalább 1 nanogramm DNS szükséges, ezért ez a PCR-amplifikált DNS kimutatásának egyik módja. Bár olcsó és széles körben használják, egyúttal mutagén vegyi anyag is, amelyről ismert, hogy rákot okoz, ezért laboratóriumi alkalmazása szigorúan szabályozott, és sok tudós kevésbé mérgező alternatívák alkalmazására törekszik.