A legtöbb taxonómiában a modern ember a „majmok” családjába tartozik, a nagy majmokkal együtt: gorillák, orangutánok, csimpánzok és bonobók. Tekintettel arra, hogy az emberek és a csimpánzok genomjaik körülbelül 98 százalékán osztoznak, nem meglepő, hogy első pillantásra a koponyájuk meglehetősen hasonló lehet a képzetlen szemhez. Azonban számos olyan tulajdonságot kell keresni, amelyek segítenek megkülönböztetni.
Koponya kapacitása
Az emberi és a csimpánzkoponya közötti fő különbség az agyréteg mérete. Az átlagos emberi agy körülbelül háromszorosa az átlagos csimpánz agyának. Ez a koponya hátsó részébe nézve látható; az emberi koponyáknak lekerekített agybázisa sokkal nagyobb, mint egy csimpánzé, hogy sokkal nagyobb agyukat befogadják. A csimpánzkoponyáknak észrevehető gerincük van az agyrétegen, ahol a nyaki izmok rögzülnek.
Prognathizmus
A csimpánzok és más majmok az úgynevezett "arc prognathizmusát" mutatják be, ahol az arc túlmutat a koponya tetején. Az emberi arcok ehhez képest viszonylag laposak. Ezenkívül a csimpánz koponyájának nincs homloka, és a szemüregek felett kiemelkedő szemöldökgerincek vannak, míg az emberi koponyának nyilvánvaló a homloka és az álla. Valójában az emberek az egyetlen főemlősök, akiknek álluk van, tehát ez árulkodó különbség az emberek és bármely más majom között.
Fogazat
Az emberi fogak kicsiek és viszonylag szabályosak az egész állkapcsban a csimpánz fogakhoz képest, és az állkapocs összességében kisebb. A csimpánzok éles, markáns szemfogakkal rendelkeznek a felső állkapocsban, amelyek az alsó állkapocsban lévő nagy alsó premolárokkal szemben ülnek. Ezeket a nagy fogakat fenyegetések megjelenítésére és fegyverként használják. Emellett a mastoid folyamat, ahol az állkapocs izmok a koponyához kapcsolódnak, az emberi koponyákban jobban megkülönböztethető, mint a csimpánz koponyáiban.
Foramen Magnum álláspont
A foramen magnum a nagy lyuk a koponya alsó oldalán, ahol a gerincvelő kilép és követi a gerincoszlopot. A foramen magum elhelyezése a koponya alatt lehetővé teszi, hogy a szem előre nézzen, amikor a test egyenes. Emberekben a foramen magnum központilag helyezkedik el, közvetlenül lefelé nézve, ami lehetővé teszi az emberi test függőleges irányú orientálódását a kétlábúság szempontjából. Csimpánzokban és más majmokban a foramen magnum a koponya háta felé helyezkedik el, a gerincvelő enyhe szögben kilép.