Az esőerdők ökoszisztémái a Föld legsűrűbb és legkülönfélébb állatközösségeinek adnak otthont. Az esőerdőket azonban folyamatosan használják ki gazdag erőforrásaik miatt. Az olyan emberi gyakorlatok, mint a bányászat és az erdőirtás, komoly hatással vannak ezekre az élőhelyekre, számtalan állatfaj riasztó ütemben veszítik el otthonukat.
Madarak
A dél- és közép-amerikai esőerdők számos tukán, papagáj és más trópusi madárfaját kihalás fenyegeti a fakitermelés és az erdőirtás egyéb okai miatt. A hárpia sas, amely az egyik legnagyobb ismert sasfaj világszerte, a trópusi esőerdők alföldjén virágzik Mexikó déli részétől Bolívia keleti részéig; ennek a madárnak az élőhelye folyamatosan csökken az egyértelműen kivágott erdőirtási gyakorlatok, valamint az olyan fészkelőhelyek pusztulása miatt, amelyek olyan ipari gyakorlatokból származnak, mint a bányászat és az olajfúrás. Az élőhelyek elvesztése a vándormadarak ezreit is fenyegeti. Ezek a fajok az észak-amerikai nyár folyamán északra, télen pedig a trópusokra utaznak; évről évre egyre többen térnek vissza, és nem találnak otthont és / vagy elpusztított fészkelőhelyeket.
Emlősök
Az esőerdőkben számos emlősfaj veszíti el otthonát, a legkisebb rágcsálótól a legnagyobb ragadozóig. Sok nagyobb emlősnek rengeteg helyre van szüksége takarmányozáshoz és / vagy vadászathoz. Az ipari gyakorlatok előrehaladtával bizonyos területeken az esőerdő emlősöknek, például a gorilláknak, jaguároknak és pumáknak szétaprózódott élőhelyekre kell szorítkozniuk, elégtelen erőforrásokkal. Az erdőirtás közvetlenül érinti a fás emlősöket (azokat, amelyek a fákon élnek), például a repülő mókust és a gyümölcs denevért, valamint számos majomfajt. Egész közösségek maradnak hajléktalanul, és arra kényszerítik őket, hogy alkalmazkodjanak olyan fátlan környezetekhez, amelyekre felkészületlenek.
Hüllők és kétéltűek
Az erdőirtás okozza az élőhelyek elvesztésének fő okát az esőerdők többségében élő hüllők számára, miközben a kétéltűek sok faja is elveszíti otthonát olajfúrási és bányászati gyakorlatok, amelyek szennyezik a tavakat, folyókat és patakokat, és arra kényszerítik őket, hogy új vízforrásokat találjanak félvizes életmódjukhoz. A veszélyeztetett és veszélyeztetett hüllő- és kétéltű fajok közé tartozik az arany varangy, a madagaszkári nappali gekkó és leguán, valamint számos méregdart faj, főleg Kolumbia.