A kórokozók olyan mikrobák, amelyek betegségeket okoznak gazdáikban. Míg a növényeknek általában jobban kell tartaniuk a talajban terjedő patogén gombáktól, mint a talajban terjedő bakteriális betegségektől, a talajban élő különféle patogén baktériumok a növényekben is betegségeket okoznak. Túl sok a talaj növényi kórokozója, hogy mindet felsorolhassa, de az alábbiak közül néhány a legfontosabb vagy leggyakoribb. A talajban található néhány baktériumfaj veszélyesnek, sőt halálosnak bizonyulhat az emberre nézve is.
Clostridium botulinum
C. A botulinum egy gram-pozitív baktérium (azaz egy baktérium, amely pozitív eredményt mutat a Gram festési teszten), amely szívós, tartós spórákat képez. Amikor a spórák megtalálják a megfelelő feltételeket, csíráznak és növekedni kezdenek. Termelhetnek olyan halálos fehérjét, az úgynevezett botulinum toxint, amely az emberek és más emlősök idegrendszerére hat, hogy blokkolja az acetilkolin nevű kulcsfontosságú neurotranszmitter felszabadulását. C. A botulinum spórák a talajban és a vízben a világ számos régiójában megtalálhatók. Anaerobak és csak oxigén hiányában növekednek; savas körülmények gátolják növekedésüket. Bár C. A botulinum néha végzetes eseteket okoz az élelmiszer által közvetített betegségnek, az úgynevezett botulizmusnak, amely a a baktérium az emberi izomszövet megbénítására is alkalmassá vált, különféle orvosi vagy kozmetikai termékek részeként eljárások. Terápiás szerként alkalmazva a botulinum toxint a Botox kereskedelmi néven ismerjük.
Erwinia carotovora
E. A carotovora egy nagyon romboló kórokozó, amely növények széles körében okoz betegségeket, beleértve a burgonyát és a legtöbb más húsos zöldséget. Ez a gram-negatív, rúd alakú baktérium a mezőn vagy raktározás közben behatolhat a növényekbe. Az E. alfaj carotovora carotovora jól megmarad a talajban és a felszíni vizekben; sok más nem gazdanövény vagy akár gyomfaj gyökérzónájában nőhet, megtámadva a burgonyát vagy más veszélyeztetett növényt, ha erre lehetőség nyílik. Az E. által okozott gyakori burgonyabetegségek carotovora közé tartozik a fekete láb, a légi szárrothadás és a gumó puha rothadása.
Streptomyces rüh
A Streptomyces rüh gram-pozitív baktérium, amely két másik Streptomyces fajjal együtt (S. acidiscabies és S. rágcsálók) megfertőzhetik a burgonyát és más gyökérnövényeket, mint a répa, retek, fehérrépa, sárgarépa és paszternák. Szokatlan abban, hogy növekedésével a sejtek hasonló gombaszálakat képeznek, mint a gombák - bár jóval kisebbek. Szálak S. a rüh ekkor letörhet spórákat képezve. A baktériumok úgy terjednek, hogy behatolnak a fiatal, friss szövetekbe, és sebek vagy természetes nyílások útján jutnak be az idősebb szövetekbe.
Xanthomonas
A Xanthomonas egy nemzetség, amely számos fontos növényi kórokozót tartalmaz. Bár a talajban nem sokáig élnek, egyes fajok a tél folyamán túlélhetnek a talajban, és tavasszal új növényeket fertőzhetnek meg. Mint minden más proteobaktérium, ezek is gram-negatívak. Az X faj. A campestris sokféle növényben fekete rothadást okoz, és talán a nemzetség legfontosabb tagja. Ironikus módon ugyanazt a baktériumot kereskedelmileg termesztik xantángumi előállítására, amely közös élelmiszer-adalékanyag.