Eukarioti su bilo koje vrste organizama koji imaju složene stanice koje uključuju mitohondrije, jezgre i druge dijelove stanica. Tri glavne skupine stanica su gljive, biljke i životinje. Mnoge su gljive površinski povezane samo s biljkama. Mogli bi izgledati nekako poput biljaka i imaju stanične stjenke slične staničnim stijenkama biljaka, ali postoji frenološko stablo koje pokazuje kako gljive mogu biti bliže povezane sa životinjama od biljaka. Budući da su životinje u evolucijskoj povijesti bliže gljivama nego biljkama, moglo bi se reći da je gljiva čovjeku bliža "rod" nego povrću na salati.
Protein
Proteinske sekvence gljiva sličnije su životinjama nego biljkama. Na primjer, protein plijesni u staničnoj sluzi više sliči životinjskim nego biljnim. Duljina ribosoma u gljivama pokazuje aminokiselinu koja je slična mišiću. Zapravo postoji nekoliko sljedova aminokiselina koji su slični proteinima teškog lanca kod sisavaca. Jedna od ovih aminokiselina je 81 posto identična ljudskoj aminokiselini.
Klorofil
Biljna celuloza se razlikuje od celuloze gljivica. Kada se rendgenski zrači, biljna celuloza je kristalnija od gljivične celuloze. I gljive i životinje ne sadrže kloroblaste, što znači da niti gljive niti životinje ne mogu obraditi fotosintezu. Klorofil biljke čini zelenim i osigurava prehranu biljaka. Suprotno tome, gljivice enzimatskim postupkom apsorbiraju hranjive sastojke iz raspadajućeg biljnog materijala, a životinje unose hranu.
Hitin
Gljive i životinje sadrže molekulu polisaharida nazvanu hitin koju biljke ne dijele. Hitin je složeni ugljikohidrat koji se koristi kao strukturna komponenta. Gljivice koriste hitin kao strukturni element u staničnim stijenkama. Kod životinja hitin se nalazi u egzoskeletonu insekata i u kljunovima mekušaca. Hitin funkcionira slično kao biljna celuloza, ali hitin je jači. Studije provedene na polisaharidima gljiva pokazale su da je dodavanje alkalija koje sadrže dušik uništilo gljivice i stvorilo octenu kiselinu. Ove kemijske reakcije nisu se dogodile u biljnim polisaharidima.
Gljivice nisu alge
Alge su najjednostavnije i najprimitivnije biljke. 1955. godine dr. George W. Martin je zaključio da gljive potječu od algi koje su izgubile klorofil. Međutim, Martinova hipoteza nije smatrala da su atmosferski uvjeti mogli biti drugačiji kad je život započeo od onih kakvi su bili 1955. godine. Također, Martin nije uzeo u obzir da su bakterije koje vežu dušik mogle postojati i prije nego što su biljke evoluirale, a koje su mogle biti korištene kao izvor hrane za gljivice. Godine 1966. dr. A.S. Sussman je primijetio da, iako gljive izgledaju površno poput algi, postoje aspekti gljivica, poput staničnih jezgri i organizacije, koji se ne mogu objasniti.
Steroli
Neki su biolozi naveli da se životinjski i gljivični steroli razlikuju, stoga gljive ne mogu biti slične životinjama. Životinje proizvode kolesterol, dok gljive proizvode ergosterol. Nakon detaljnijeg ispitivanja, i gljivični i životinjski steroli sadrže lanosterol, dok fitosteroli u zelenim biljkama sadrže cikloartenol.
Vlastita kategorija?
Možda gljive nisu ni iz biljaka ni iz jednostaničnih životinja. Neki su biolozi tvrdili da se gljive filogenetski razlikuju od svih ostalih eukariota. Čini se da su gljive jedinstvene po činjenici da same trebaju faktor rastezanja translacije nazvan EF-3. Postoje neke proteinske aktivnosti koje su ključne za in vivo produljenje translacije.