Elektroforeza u gelu metoda je koja se koristi u laboratorijima za odvajanje DNK (deoksiribonukleinska kiselina). Također se može koristiti za odvajanje RNA i proteina.
Čitanje rezultata elektroforeze u gelu omogućuje istraživačima da odrede veličinu niti u uzorku. Da bismo razumjeli kako postupak funkcionira, prvo moramo naučiti definiciju elektroforeze u gelu.
Definicija elektroforeze u gelu
Gel elektroforeza je moćan alat koji se koristi u molekularna biologija za određivanje veličine i električnog naboja DNA, RNA i proteina. Počinjete s korištenjem dijelova DNA koji su enzimi probavili iz većeg lanca DNA.
Koristeći kao rezultat rezultate intenziteta gel elektroforeze, možete dokučiti koja je veličina fragmenata. Tada se može dobiti a DNK otisak prsta.
Kao što otkriva "elektro" dio riječi, a definicija elektroforeze u gelu podrazumijeva upotrebu električnog polja. Koristi se poseban stroj koji sadrži pufersku otopinu koja pokriva elektrode, jažicu za gel da se suspendira iznutra i same elektrode.
Gel u gelskoj elektroforezi
Elektroforeza u gelu zahtijeva upotrebu gela oblikovanog u ploču koja je obično izrađena od pročišćene verzije agara iz morskih algi nazvane agaroza.
Agarozni gelovi napraviti poroznu matricu kroz koju nabijene molekule različitih veličina mogu putovati različitim brzinama. Kemikalija nazvana etidij bromid (EtBr) dodaje se otopini gela prije nego što se ulije u kalup.
Ako imate vrlo male molekule DNA ili proteina za odvajanje, možda ćete trebati koristiti poliakrilamidni gel umjesto agaroze. Pripazite kada upotrebljavate poliakrilamid, jer je neurotoksičan.
Poseban češalj stavlja se u kalup za agarozni gel, a zatim pažljivo uklanja nakon što se skrutne. Tu se stavlja fragment DNA ili drugi molekularni uzorci, koji su prvo pomiješani s posebnom bojom za punjenje. The punjenje boje je samo za praćenje kretanja DNK, jer se drugačije ne vidi.
Tu je i zdenac koji sadrži ono što se naziva a DNK ljestve ili marker. Ovo služi kao visokokvalitetni predložak s poznatim veličinama traka, za usporedbu veličina s uzorcima DNA koji se proučavaju. Jednom kada se primijeni električno polje, ove negativno nabijene molekule putovat će kroz gel prema pozitivnom kraju.
Rezultati elektroforeze u gelu
Jednom kada molekule otputuju do kraja gela, vrijeme je za čitanje rezultati elektroforeze u gelu. EtBr boja u gelu lako se veže za DNK, otuda i njegova upotreba, a zatim možete vidjeti trake DNK koji fluoresciraju pod UV svjetlom.
Morate paziti da ne dodirujete etidij-bromid, jer njegov afinitet za DNK također znači da ga može odmotati; stoga se smatra mutagenom. Sada su dostupna novija, sigurnija bojila, iako su njihove cijene više.
UV svjetlo otkriva intenzitet gel-elektroforeze u DNA ili drugim molekularnim uzorcima. Položaj traka na gelu otkriva veličinu DNA fragment. The intenzitet pojasa gel elektroforeze otkriva koncentraciju molekule.
Sada možete usporediti vrpce DNK u svojim uzorcima s uzorkom ljestvice DNA. Poznate veličine traka ljestvice pomoći će vam da odredite relativnu veličinu DNA koju proučavate.
Važnost kvalitetne elektroforeze u gelu
Gel elektroforeza je korištena u DNK otisci prstiju i forenzika. Pomogao je istraživačima da utvrde informacije o genomima mnogih vrsta. Korištenje visokokvalitetne gel elektroforeze vrlo je važno za ova važna područja.
Stoga je presudno raditi s visokokvalitetnim sastojcima i biti vrlo pažljiv u izradi gelova. Bitno je spriječiti kontaminaciju uzoraka DNK RNK ili proteinima.
Obavezno koristite čisti pufer, pažljivo ulijte gel tako da se jažice češlja ravnomjerno formiraju i držite sve reagense na odgovarajućoj temperaturi. Elektroforeza u gelu Intenzitet pojasa trebao bi biti živahan i čist, bez tragova druge DNA u pozadini i bez mrlja RNA ili proteina koji zagađuju gel.