Protočna citometrija metoda je proučavanja stanica i kromosoma. Tisuće tih mikroskopskih čestica mogu se analizirati svake sekunde. To se radi s uređajima za otkrivanje dok se stanice drže u tekućini. Tehnika se koristi iz mnogih razloga, poput proučavanja i dijagnosticiranja raka krvi. Postoje alternative ovoj metodi, zbog čega vrijedi pogledati prednosti i nedostatke protočne citometrije.
Ako se protočna citometrija koristi za proučavanje heterogenih populacija stanica, tada će analizirati subpopulacije za nekoliko minuta. Ne samo da je puno brži od ostalih opcija, podaci koje proizvodi također su detaljni. Analiza uključuje postotak crvenih stanica u usporedbi sa zelenim stanicama, a može ići i dalje pružajući informacije o svijetlo-zelenim i mutno-zelenim stanicama.
Korištenje protočne citometrije za promatranje jednoličnih populacija stanica ima prednost što uvijek ističe bilo kakvu nejednolikost. Također uklanja ostatke ili mrtve stanice prilikom pružanja konačnih podataka. Ova razina točnosti nadmašuje razinu konkurencije.
Uobičajeno je kada se proučava jednolična populacija stanica da će željeni podaci biti prosječna gustoća receptora. Protočna citometrija može se lako nositi s tim poslom, ali je skuplja od alternativa kao što su radioimunološki test i imunosorbentni test povezan enzimima. Problem je što ove alternative mogu obaviti posao jednako brzo i čak mogu proizvesti više uzoraka dnevno. Protočna citometrija daje vam prosječnu gustoću, ali i ogromnu količinu informacija koje vam nisu potrebne za ovakav posao.
Sorteri protočne citometrije vrlo su precizni i pročišćavaju male ili složene subpopulacije. Ali čak ni sortirnica velike brzine ponekad nije dovoljno brza da postigne željene rezultate. Na primjer, par ćelija često se odbaci jer ih razvrstavač ne može na vrijeme razlikovati. Brzi razvrstavač može dati do 106 stanica na sat kada se bavi subpopulacijom koja čini 20 posto cjelokupne populacije. Ta je stopa preniska za mnoge eksperimente.