Nakon što uzorke DNA analizirate na agaroznom gelu i snimite sliku, sliku možete spremiti za kasnije, a zatim možete analizirati rezultate i protumačiti ih. Vrste stvari koje tražite ovisit će o prirodi vašeg eksperimenta. Ako, primjerice, radite otiske DNK, htjeli biste usporediti veličinu dijelova DNA iz dva uzorka - možda od osumnjičenog i od mjesta zločina. Ako radite s plazmidima bakterija, za razliku od toga, možda ćete trebati osigurati da plazmid sadrži umetak. Posljedično tome, kako ćete interpretirati svoj gel djelomično će ovisiti o eksperimentu koji ste proveli. Ipak, postoje neka opća pravila koja možete primijeniti.
Imajte na umu da ćete možda i ne trebati koristiti upute u ovom odjeljku. Elektroforeza u agaroznom gelu često se koristi kako bi se potvrdilo da plazmid sadrži zadani umetak. Ako ne radite s plazmidima, možete preskočiti ovaj odjeljak. Ako jeste, možete slijediti ove upute.
Primijetite da ako radite s nerezanim ili urezanim plazmidima, ne možete procijeniti veličinu pomoću postupka iz gornjeg odjeljka 1. To je zato što neobrezani i odrezani plazmidi migriraju različitim brzinama iz linearne DNA.
Usporedite broj opsega u svakoj traci. Sjetimo se da restrikcijski enzim presijeca DNA na mjestima na kojima se javlja zadani slijed koji se naziva restrikcijsko mjesto. Ako je uzorak tretiran s DVA restrikcijska enzima, trebali bi biti prisutni pojas za umetak i pojas za ostatak plazmida. To je zato što će umetak biti okružen s dva restrikcijska mjesta, svako za različiti enzim, pa će presjeci na oba ta mjesta osloboditi umetak iz plazmida. Rez, na samo jednom mjestu, pretvorit će plazmid u linearnu DNA. Uzorak izrezan bez restrikcijskih enzima ili jednog restrikcijskog enzima trebao bi sadržavati jednu traku, dok bi uzorak izrezan s dva restriktivna enzima trebao sadržavati dvije trake.
Pripazite na trake stvorene odrezanim plazmidnim DNA. Zarezani plazmid ima rez samo u jednoj niti, pa migrira sporije od izrezanog plazmida. Izrezani plazmidi zauzvrat migriraju sporije od nerezane DNA.
Procijenite veličinu umetka koristeći postupak opisan u odjeljku 1. i utvrdite odgovara li on vašim očekivanjima (koja će varirati ovisno o eksperimentu.)
Stvari koje ćete trebati
- Olovka
- Papir
- Program proračunskih tablica
- Slika vašeg gela
- Vladar