Često se smatraju najjednostavnijim oblicima života, bakterije čine raznoliku skupinu organizama. Raznolikost bakterija dovela je do podjele ove skupine na dva područja života, Eubacteria i Archaea. Unatoč ovoj raznolikosti, bakterije dijele niz karakteristika, a ponajviše imaju prokariotske stanice. Uz to, postoje brojne karakteristike poput sastava staničnih stijenki koje se široko dijele među eubakterijama i arhejci, iako postojanje nekih bakterija bez ovih gotovo sveprisutnih karakteristika podcrtava njihove raznolikost.
Jednostanični
Možda je najizravnija karakteristika bakterija njihovo postojanje kao jednostanični organizmi. Dok većina bakterija, kao i arhejaca i eubakterija, čitav svoj mikroskopski životni ciklus provodi kao neovisan pojedinac stanice, neke poput miksobakterija koje nastanjuju tlo formirat će višećelijska plodišta kao dio svog života ciklus.
Odsutne organele
Eukariotske stanice, poput biljaka, životinja i gljivica, posjeduju jezgru vezanu za membranu koja dijeli DNA stanice iz ostatka stanice. Ostale funkcije unutar ovih stanica također su sekvestrirane u specijalizirane membrane vezane organele, poput mitohondrija za stanično disanje i kloroplasta za fotosintezu. Bakterijama nedostaje jezgra i složene organele unutar stanica. To ne znači da bakterije nemaju unutarnju organizaciju, jer se njihova DNK često sekvestrira u područje bakterijske stanice poznato kao nukleoid. Međutim, važno je napomenuti da nukleoid fizički nije odvojen membranom od ostatka stanice.
Plazma membrana
Iako su plazma membrane česte u ostalim živim stanicama, te membrane nisu obilježje bakterija. Odsutnost unutarnjih organela oslobađa mnoge funkcije koje se javljaju u eukariotskim stanicama i javljaju se na plazemskoj membrani bakterija. Primjerice, posebne informacije na plazemskoj membrani omogućuju fotosintetskim bakterijama da djeluju ovisno o svjetlu reakcije fotosinteze koje fotosintetski eukarioti provode na tikaloidnim membranama unutar kloroplast.
Zidovi stanica
Stanični zid peptidoglikana uobičajena je značajka među eubakterijama. Ova stanična stijenka obavija stanicu bakterija pružajući snagu i sprječavajući puknuće u promjenjivim okruženjima. Jedno od temeljnih ispitivanja provedeno u identificiranju bakterija je Gramova mrlja koja kategorizira eubakterije kao gram pozitivne ili gram negativne na temelju sposobnosti stanične stijenke da zadrži kristal ljubičasta boja. Stanična stijenka meta je antibiotika penicilina i njegovih derivata. Penicilin inhibira stvaranje staničnih stijenki i može uništiti zidove, posebno kod bakterija koje brzo rastu i razmnožavaju se. Ponovno naglašavajući raznolikost unutar ove skupine, nemaju sve eubakterije stanični zid peptidoglikana. Staničnom zidu klamidije nedostaje peptidoglikan. Mikoplazmi nedostaje bilo koji stanični zid. Arhejci također posjeduju staničnu stijenku, ali koriste tvari koje nisu peptidoglikan.
DNA
Višestruki, linearni kromosomi koji su često grafički predstavljeni u udžbenicima biologije specifični su za eukariote. Suprotno tome, i arhejci i eubakterije posjeduju jednokružni kromosom i DNA sekvencu mnogo kraću od one koja se nalazi u eukariota. Kraća sekvenca DNA može se djelomično objasniti razmjerno smanjenom složenošću bakterijskih stanica, ali također rezultat je smanjene prisutnosti introna - segmenata gena koji se uklanjaju tijekom prevođenja DNA u protein. Bakterijski genom povećan je manjim fragmentima DNA poznatim kao plazmidi, iako oni nisu jedinstveni za bakterije, a mogu se naći i u eukariotima. Plazmidi se repliciraju unutar bakterijske stanice neovisno o bakterijskom kromosomu i mogu se razmjenjivati između različitih bakterijskih organizama. Plazmidi stanici domaćinu mogu dati atribute kao što je rezistencija na antibiotike.