Neutrofilne i acidofilne heterotrofne bakterije čine većinu vrsta bakterija. Pojmovi "neutrofilni" i "acidofilni" odnose se na optimalnu razinu pH bakterijskih vrsta - mjeru kiselosti ili bazičnosti tvari. Na primjer, ocat mjeri kao kiselo, a soda bikarbona kao baza. Ljestvica pH kreće se od 0 do 14, sa 7, pH čiste vode, točno u sredini.
Neutrofilni heteroterofi
Većina bakterija, neutrofila, živi u tlu ili vodi i najbolje raste uz neutralni pH između 6 i 8. Ako pH varira previše izvan tog raspona, neutrofilne bakterije ne mogu preživjeti. Većina bakterija koje uzrokuju bolesti kod ljudi su također neutrofilni heterotrofi, pogodni za preživljavanje u ljudskom tijelu.
Acidofilni heteroterofi
Acidofilne bakterije rastu bolje na nižim razinama pH, obično pod pH 6, jer imaju biološke mehanizme koji im omogućuju da održavaju svoj unutarnji pH blizu neutralnog. Kiselinska odvodnja iz rudnika - onečišćeno, jako kiselo otjecanje iz rudarskih područja - sadrži veliku populaciju acidofila koji oksidiraju sulfid koji se nalazi u metalnim rudama. Prema Science Education Resource Center-u na Carleton Collegeu, acidofilna Ferroplazma pronađena u odvodnji kiselih rudnika pokazivala je razinu pH do nule.
Obavezno acidofilni heteroterofi
Obligatnim acidofilima je potreban nizak pH, ispod 4 ili 5, da bi preživjeli. Stanična membrana obveznih acidofila zapravo se otapa na neutralnoj razini pH, uzrokujući staničnu smrt. Mnogi obvezni acidofili također su termofili - organizmi koji najbolje uspijevaju na visokim temperaturama - i obično se nalaze u vulkanskim tlima. Thiobacillus ferrooxidans vjerojatno se svrstava među najčešće proučavane acidofilne bakterije koje oksidiraju željezo.