Mikroaerofili su mikroorganizmi koje prisutnost kisika per se ne ubija izravno, ali mogu podnijeti samo sub-atmosferske razine kisika u svojoj okolini. To ih svrstava u metabolički spektar između obveznih anaeroba koje zapravo ubijaju kisika i obvezni aerobi koji zahtijevaju istu opću razinu kisika kao i vi i većina ostalih života oblici čine. Kisik obuhvaća oko 21 posto zemaljskih atmosferskih plinova; mikroaerofili najbolje rastu u medijima sa znatno manje od ovog, ali trebaju barem neki da bi procvjetali.
Mikroaerofilne bakterije primjeri su aerotolerantnih anaeroba. Kisik mikroaerofilima prilično je poput minerala poput željeza za ljude: svi ljudi trebaju male količine željeza da bi preživjeli, ali višak željeza je otrovan. Te bakterije čine enzime potrebnim za razgradnju toksičnih nusproizvoda aerobnog metabolizma, ali u smanjenim količinama u usporedbi s aerobnim organizmima.
Primjeri aerotolerantnih bakterija obiluju svijetom zaraznih (patogenih) bolesti. To je velikim dijelom zato što kisik može doći do nekih dijelova unutrašnjosti tijela, ali ne u količinama kojima su izloženi vanjski i pluća.
Vibrio
Bakterije u ovom rodu su ravne ili zakrivljene i gram-negativne pri bojanju bojom (bakterije su obično klasificirane kao gram-pozitivne ili gram-negativne). Natrij njeguje Vibrio rast i uspijevaju u vodenom okruženju. U ovoj grupi, V. kolere i V. parahaemolyticus glavni su uzročnici bolesti u ljudi. Vibrio bakterije mogu izazvati proljev ili infekcije izvan crijevnog trakta.
Campylobacter
Ti mikroaerofili mogu biti u obliku slova S, zakrivljeni ili u obliku štapića i povezani su s gastrointestinalnim infekcijama. Često se prenose sa životinja (posebno stoke) na ljude, a moguće je oboljeti nakon što je samo nekoliko stotina tih organizama ušlo u tijelo. Kontaminirana hrana i voda također mogu proizvesti Campylobacter infekcije.
Legionela
Legionellae male su gramnegativne bakterije koje uzrokuju blage do ozbiljne, čak i fatalne, respiratorne bolesti. Poznati su po tome što uspijevaju u zagrijanoj vodi, poput vrućih kade. Legionellae nalaze se u prirodnim vodenim tijelima, kao i onima koja je stvorio čovjek, poput spremnika s toplom vodom. Postoji 20 različitih Legionela vrste koje su povezane s ljudskim bolestima, od 2018. godine.
Neisseria
Neisseriae su gram negativne bakterije najpoznatije po tome što kod ljudi uzrokuju gonoreju, spolno prenosivu bolest. Od 2004. godine vjerovalo se da je 112 na svakih 100 000 ljudi u SAD-u zaraženo, ili otprilike jedna na svakih 900 osoba. Bolest se može učinkovito liječiti antibioticima. U rijetkim slučajevima može izazvati infekciju oka koja se naziva konjunktivitis.
Helicobacter
Helicobacteriae su gram-negativni i obično su zakrivljeni ili spiralnog oblika, dajući im ime. Otkriveni 1982. godine, nastanjuju ljudska crijeva i sudjeluju u gastritisu ili upali želuca, zajedno s određenim vrstama čira na želucu. Također mogu dugo trajati u tijelu, a da ne uzrokuju bolest.