Elektroforeza u gelu jedna je od glavnih metoda korištenih u molekularnoj biologiji za analizu DNA. Ova metoda uključuje migraciju fragmenata DNA kroz gel, gdje se oni odvajaju na temelju veličine ili oblika. Međutim, čak ni znanstveno ispravna metoda poput gel elektroforeze nije imuna na pogreške.
Kako djeluje elektroforeza
•••Jezperklauzen / iStock / Getty Images
Elektroforeza u gelu uključuje upotrebu gela koji se obično pravi od polimera poput agaroze. Gel je uronjen u pufersku otopinu koja provodi električno polje. Uzorak DNA koji se zanima prvo se fragmentira pomoću restrikcijskih enzima, a zatim se ubrizga u gel. Kada se uključi električno polje, fragmenti DNA u gelu migriraju prema pozitivnoj elektrodi. Ako su fragmenti DNA različitih veličina, tada će vremena migracije biti različita za svaki fragment veličine. Zatim se fragmenti vizualiziraju pomoću boje ili autoradiografije i vidljivi su kao trake u gelu.
Kontaminacija uzorka
•••aiaikawa / iStock / Getty Images
Glavna primjena elektroforeze je alat za analizu DNA u molekularnoj biologiji, ali se također koristi u forenzici kao sredstvo za identificiranje uzoraka s mjesta zločina. Važno je smanjiti izvore pogrešaka u ovoj tehnici kako bi se dobili točni rezultati. Jedan izvor pogreške je onečišćenje uzorka DNA. Ako u uzorku postoji strana DNA, gel će imati više traka nego što bi se moglo naći u gelu koji sadrži samo pročišćeni uzorak.
Problemi s gelom, strujom i puferom
•••IndiaImages / iStock / Getty Images
Koncentracija gela također mora biti točna kako bi se izbjegle pogreške. Ako je koncentracija previsoka ili preniska, fragmenti će migrirati ili presporo ili prebrzo. To će dovesti do pogrešaka u rješavanju različitih opsega. Tijekom rada elektroforeze mora se voditi računa da napon bude stabilan. Sve fluktuacije napona rezultirat će nestalnom migracijom fragmenata DNA, što će dovesti do pogrešaka u čitanju vrpci. Otopina pufera također mora biti pravilnog sastava, jer će pufer pogrešnog pH ili ionske koncentracije promijeniti oblik fragmenata DNA, mijenjajući i njihova vremena migracije.
Pravilna vizualizacija
•••Ingram Publishing / Ingram Publishing / Getty Images
Što je najvažnije, gel se mora pravilno vizualizirati. Ako je koncentracija boje ili radioaktivne sonde koja se koristi za vizualizaciju uzoraka previsoka, rezultirajuća slika bit će vrlo neuredna, jer će se također prikazati i zaostali fragmenti. Ako je koncentracija gela preniska, neće doći do vizualizacije. Kada se slijede ispravni procesi u svim fazama, gel elektroforeza će dati točne rezultate i mogu se koristiti s velikim povjerenjem. Kao i kod svih znanstvenih postupaka, i elektroforeza u gelu može biti sklona pogreškama, ali one se mogu minimizirati pravilnom pripremom i rukovanjem.