Gel elektroforeza je tehnika koja omogućuje analizu DNK na razini molekula u sastavu. U ovoj metodi vizualizacije DNA uzorci se stavljaju na medij agaroznog gela i na gel se nanosi električno polje. To uzrokuje da fragmenti DNA migriraju kroz gel različitim brzinama u skladu s njihovim elektrokemijskim svojstvima.
Etidijev bromid
Za ovu tehniku vizualizacije, etidij-bromid se pomiješa s prahom agaroze, EDTA puferom i vodom kako bi se stvorila gel matrica prije elektroforeze. Kao rezultat, molekule etidij-bromida postaju jednoliko raspršene po matrici. Nakon što se jamice gela napune odgovarajućim uzorcima DNA i bojama za praćenje, primjenjuje se napon da se polako povuku veliki, polarni spojevi preko matrice.
Tijekom ovog kretanja, baze molekula DNA privremeno se vežu za čestice zahvaljujući naboju etidijevog bromida, vukući ih za sobom. Dok je elektroforeza u gelu gotova, svaka molekula DNA poprimila je značajnu količinu etidijevog bromida.
U prisutnosti ultraljubičastog svjetla, etidij bromid pokazuje fluorescenciju. Tehničari osvjetljavaju posebno kalibrirano UV svjetlo preko gela dok stroj snima sliku užarenih fragmenata.
Metilen plava
Ako UV transilluminator nije dostupan ili je praktičan, tehničari mogu učiniti DNA vidljivom u normalnim uvjetima natapanjem gotovog agaroznog gela s elektroforezom DNA iznutra u otopini metilen plave preko noći.
Kloridna sol sa značajno hidrofobnim anionom, molekule metilen plavog prodiru kroz čitavu matricu gela. Međutim, vodikova veza u cijeloj DNA uzrokuje nakupljanje molekula mrlje. Ova povećana gustoća DNA mrlja daje dublju nijansu plave boje, vidljivu golim okom.
Praćenje boja
Osim relativne veličine DNA traka, tehničari mogu izmjeriti apsolutnu veličinu (u parovima baza) svakog fragmenta pomoću kemikalija koje se nazivaju praćenje boja. Vidljive bez dodavanja metilen plavog ili etidij bromida, boje za praćenje poput bromofenol plave i ksilen cijanola kreću se kroz aragozne gel matrice tijekom elektroforeze istom brzinom kao i fragmenti DNA koji se sastoje od 300 nukleotida i 4000 nukleotida, odnosno. U elektroforezi masivniji fragmenti DNA putuju preko matrice gela sporijom brzinom od manjih fragmenata. Stoga, dok praćenje boja ne utječe izravno na vidljivost fragmenata DNA, uspoređujući položaj fragmenta DNA u gelu do položaja ovih boja omogućuju tehničarima da "vide" približni broj nukleotida DNA fragment sadrži.