Filogenetsko stablo grafički je prikaz evolucijskih odnosa koji pokazuje kako su se organizmi mogli razići od zajedničkog pretka. Prije se to radilo usporedbom anatomije i fiziologije živih organizama i fosila, ali sada se obično koriste genetske informacije preuzete iz DNA nukleotidnih sekvenci. Organizmi s malo sličnosti mogu se naći na odvojenim "granama" filogenetskog stabla, a oni sa određenim zajedničkim karakteristikama smjestili bi se na "grančicama" iste grane. Filogenetsko stablo metoda je za razumijevanje vrsta i evolucijske promjene u organizmima.
Odaberite model organizma za usporedbu odnosa. To se može učiniti s nizom vrsta, pasmine ili nukleotida koji predstavljaju organizam. Primjer organizma može biti krava. Ostatak stabla pokazao bi koliko je krava usko povezana s drugim organizmima na temelju genetskih svojstava.
Odaberite outgroup. Outgroup je manje srodni organizam ili znatno drugačija nukleotidna sekvenca. Ako je model organizma krava, tada bi moguća grupa mogla biti riba. Što su dva različita organizma različita, to će njihova odvojena grana biti dalje na filogenetskom drvetu. Vrijeme je prikazano s najstarijim datumom na dnu grafikona, a današnji dan na vrhu grafikona. Postavljanje grana pokazuje otprilike kada je u prošlosti evolucijska osobina vjerojatno promijenila organizam predaka u različite vrste.
Odredite skup karakteristika koje ćete koristiti za usporedbu. Primjeri uključuju "ima četiri noge", "žvače mačkicu", "rađa živo" ili "pušta kosu". Nukleotidne sekvence su pravedne abecedni prikazi DNA koji određuju karakteristike, pa bi druga opcija bila: "sadrži slijed ATGGACACGGA. "
Podijelite organizme na temelju karakteristika. Kada jedan organizam ne sadrži željeno svojstvo, na filogenetskom stablu se stvori grana. Jer karakteristično "ima četiri noge", krave, ovce i jeleni bile bi na jednoj grani, dok bi ribe bile na zasebnoj grani. Zalijepite sliku ili slijed krave u gornji kut ploče s posterima, a ribu u suprotni kut i povucite dvije crte od njih do podnožja papira u obliku V koji se presijeca.
Nastavite odvajati modelne organizme ili nukleotidne sekvence sve dok se svaki primjer ne odvoji pojedinačno od grane u grančicu. Karakteristika „ima vunu“ razdvojila bi ovce od jelena i krava na pojedinačnu granu. Postavite sliku ovaca blizu slike ribe i povucite liniju koja se u obliku slova V spaja do grane krave. Korištenjem karakteristike "ima pahuljast rep" bi se krava odvojila od jelena. Zalijepite sliku jelena između krave i ovce i nacrtajte još jednu liniju u oblik V koji se siječe iznad linija riba i ovaca. Kada svaka vrsta ima jednu granu, filogenetsko stablo je dovršeno.