Klasifikacija svakog organizma koji živi na planeti važan je, ali nevjerojatno težak zadatak biologa. Zbog širokog spektra vrsta živih organizama, znanstvenici su stvorili nekoliko načina da identificiraju svakog od njih. Kroz ove procese može se stvoriti organiziraniji sustav, bolje imenovanje i preciznija obiteljska stabla.
Opća identifikacija
Živi organizmi na planeti svrstani su u šest kraljevstava: životinje, biljke, arhebakterije, eubakterije, gljive i protisti. Svako kraljevstvo ima različite fizičke i biološke značajke. Kad započnemo identificirati organizam, saznanje kojem kraljevstvu pripada služi kao prvi korak za daljnje utvrđivanje određene vrste.
Životinje i biljke lako se prepoznaju po fizičkim svojstvima, ali arhebakterije i eubakterije nisu lako identificirati ako se ne pregledaju pod mikroskopom. Neke gljive izgledaju poput biljaka, ali gljiva ne može proizvesti vlastitu hranu. Protisti su, s druge strane, svako živo biće koje ne pripada ostalih pet kraljevstava.
Dihotomni ključ
Dihotomni ključ uobičajeni je alat koji biolozi i drugi prirodoslovci koriste za kategorizaciju nepoznatog organizma. Ovaj je „ključ“ niz pitanja ili izjava koje se pitaju o određenim karakteristikama organizma. Jednom kad se odgovori na pitanje, vodi se do drugog pitanja. Kroz ovaj niz pitanja može se identificirati nepoznati organizam. Dihotomni ključevi obično identificiraju velike organizme, poput biljaka i životinja, jer se njihove karakteristike lako vide golim okom. Identificiranje manjih organizama zahtijeva znanstveniji pristup.
Bojenje po Gramu
Bojenje po Gramu najčešći je postupak koji se koristi za identificiranje bakterijskog organizma. Bakterije su izuzetno male veličine, što znači da je jedini način da ih se identificira mikroskopom. Bojenje po Gramu idealno je za mlade primjerke bakterija jer se lakše boje od potpuno razvijenih. Bojenje po Gramu djeluje izlažući staničnu stijenku bakterija dvjema vrstama mrlja: ljubičastoj i crvenoj. Bakterija s debljim staničnim stijenkama poznata je kao gram pozitivne bakterije jer zadržava prvu mrlju i ne apsorbira drugu, dok gram negativna bakterija ima tanji stanični zid i apsorbira oba. Gram pozitivne bakterije su ljubičaste, dok su gram negativne bakterije ružičaste.
Molekularna biologija
Pojavom tehnologije biolozi su u stanju proučavati molekularne strukture čak i najmanjih živih organizama, identificirajući svaki organizam na empirijskiji i znanstveniji način. Molekularni biolozi proučavaju DNA bakterije i uspoređuju je s drugom DNA kako bi utvrdili postoje li sličnosti. Budući da je DNK "biološki priručnik" živog organizma i jedinstven je za svaku vrstu organizma, njegovo identificiranje može biti vrlo specifično i jednostavno.