Poznata po svojoj biološkoj raznolikosti, Malezija je dom za 15.000 cvjetnica. Međutim, nacionalna flora i fauna su pod ozbiljnom prijetnjom i doživjele su 70-postotno iscrpljenje izvornog rasta. Prema Crvenom popisu Međunarodne unije za zaštitu prirode (IUCN), Malezija ima 686 ugroženih biljnih vrsta od 2007. godine. Malezijski zakoni štite ptice, sisavce i insekte. Flora i fauna zaštićeni su samo ako rastu unutar nacionalnog parka ili rezervata.
Glavne vrste šuma u Maleziji su Giam Kanching ili rijetka šuma dipterocarp, šuma mangrova, tresetna močvarna šuma i gorska ericaceous šuma, prema Svjetskom fondu za divlje životinje. Stablo dipterocarp, poznato po plodovima s dvokrilnim sjemenkama, raste na kopnu koje je malo iznad razine mora do nadmorske visine od oko 900 metara. Nizinske dipterokarpove šume, koje se nalaze do 300 metara nadmorske visine, desetkovane su zbog poljoprivrede i drugih kopneno intenzivnih aktivnosti. Iako su džep stabala dipterokarpa zaštićeni u šumskom rezervatu Kanching, ova se vrsta na Crvenom popisu smatra kritično ugroženom - na rubu izumiranja.
Ova mesojeda tropska biljka raste samo u mahovinskim šumama na visini od 2.000 do 2.600 metara na planini Trus Madi na Borneu. Nepenthes macrophylla ima lišće u obliku vrča koje visi iz deset metara duge loze. Insekti klize s voštanog vrha cvijeta u bazen kiseline koju izlučuju žlijezde u donjem dijelu cvijeta, prema ASEAN-ovom pregledu biološke raznolikosti i očuvanju okoliša. Crveni popis IUCN-a kategorizirao je Nepenthes macrophylla kao kritično ugroženu.
Smatra se kritično ugroženom na Crvenom popisu, Taxitheliella richardsii mahovina je iz porodice Sematophyllaceae i podrijetlom je iz Malezije. Jedino poznato područje (manje od 10 km²) gdje je mahovina pronađena nalazi se u Sarawaku, malezijskoj državi na sjeverozapadu Bornea. Taxitheliella richardsii raste na drvenastim lozama i trulim trupcima u suptropskim šumama, staništu koje nestaje uslijed sječe i sječe drva.
