Život je procvjetao u kostarikanskim kišnim šumama i morskom okruženju (jedna od 20 svih biljnih i životinjskih vrsta može se naći na Kosti Rica), ali tamo postoji i preko 100 vrsta u Međunarodnoj uniji za zaštitu prirode i ugroženih vrsta popis. Krčenje šuma, pretvaranje staništa i zagađenje krivci su za umanjenje mnogih vrsta.
Sisavci
Kostarika ima jednu od najbogatijih populacija šišmiša na svijetu, koja se sastoji od polovine populacije sisavaca. Vrste šišmiša na popisu se kreću od velikog grabežljivog spektralnog šišmiša do honduraškog bijelog šišmiša, duljine samo oko 37 do 47 mm, iako su obje niskog rizika. Mačke poput male pjegave mačke, kostaričke pume i srednjoameričkog jaguara protjerane su sa svog staništa i tamton od Cottontop-a, plačući urlik i primati Geoffroyjevih majmuna-pauka znatno su smanjeni. Ostali ugroženi sisavci uključuju divovskog mravojeda, sambarskog jelena i Bairdov tapir.
Ptice
Kostarika je dom za 894 vrste ptica, više nego u SAD-u i Kanadi zajedno. Od toga je više od 600 stalnih stanovnika, uključujući ugroženi kišobran golog vrata, crni guan i plavo-zlatni tanager, ali ptice poput jezerske koprive i elegantne čigre migratorne su. Finch s otoka Cocos nalazi se na otoku Cocos 360 milja od obale Kostarike. To je jedina Darwinova zeba koja nije u potpunosti endemična za Galapagose. Ostale ugrožene ptice uključuju poznate vrste poput orla (crni pojedinačni orao), ara (velika zelena ara), kolibri (mangrova kolibri) i papiga (crvenopapaga).
Gmazovi i vodozemci
Petokraka iguana s bodljikavim repom i blatna kornjača uskog mosta nekoliko su gmizavaca koji su ugroženi, ali ima mnogo više ugrožene vodozemce, od kojih su većina žabe ili daždevnjaci koje u pravilu predstavljaju velike raznolikosti u prašumi okruženja. Žaba listova lemura i Starrettova žaba vode se kao kritično ugrožene. Takvi su i daždevnjaci El Empalme i dvije vrste krastača: krastača pico blanco i krastača krastača. Zlatna krastača Monte Verde nije viđena od 1989. godine i smatra se izumrlom.
Riba
Većina kostaričkih riba na popisu ugroženih vrsta ili je gotovo ugrožena ili ranjiva. Tu spadaju kirnja maslina, tihookeanski morski konj i morski pas. Na popisu su i brojne zrake, poput električne zrake jabuka na Tihom okeanu i zrake kravljeg nosa u Atlantiku.
Beskičmenjaci
Postoji niz ugroženih sjenica, insekata koji izgledaju slično vretencima. To uključuje vrste s crnim podlogama, izdužene, chiriquita, kakao i reventazon. Mnogi drugi ugroženi insekti su vretenasti konjici poput limuna, grbave, katago, vulkana, alajuele i rogatih vrsta. Dvije vrste slatkovodnih rakova i nekoliko morskih koralja također su se našle na popisu IUCN-a.
Bilje
U Kostariki postoji preko 9000 poznatih vrsta biljaka. Ugrožene biljke uključuju članove obitelji mahunarki kao što su abarema i lancepod, od kojih potonje svoje ime dobiva po plodu sličnom koplju. Postoje i 24 vrste cvjetnice eugenia, devet vrsta aromatične biljke quararibea i dvije vrste roda virola, koji je usko povezan s muškatnim oraščićem i ima žute cvjetove s oštrim miris. Ostali glavni ugroženi rodovi uključuju koralj, obožavateljicu palme kriosofila i cedrelu zimzelenog ili suhog lišćara. Kostarička jatrofa, stablo manilkara i stablo gavilán blanco posebno su ugrožene biljne vrste.