Procjenjuje se da je 80 posto zelenih cvjetnica na svijetu u Amazonskoj kišnoj šumi. Na 2.5 hektara amazonske kišne šume može se naći oko 1.500 vrsta viših biljaka (paprati i četinjača) i 750 vrsta drveća. Nepoznato je točno koliko je amazonskih biljaka kišnih šuma ugroženo, ali sigurno je reći da su mnoge od njih doista ugrožene ili su na rubu. Neki od razloga uključuju lovce na orhideje, sječu, uzgoj, krčenje šuma i komercijalni razvoj.
Orhideje
Orhideje su među najugroženijim amazonskim biljkama kišnih šuma. Postoji više od 25 000 vrsta orhideja i sve su ili ugrožene ili ugrožene. Mnoge su vrste već izumrle. To su najveće cvjetnice na svijetu i dolaze u najrazličitijim bojama i oblicima. Cvat orhideje može biti veći od ljudske ruke i može narasti do nekoliko metara.
Cvijet rafflesia
Ovaj amazonski cvijet kišne šume smatra se jednom od najrjeđih i najugroženijih biljaka na svijetu. Može težiti više od šest kilograma, a može doseći otprilike jedan metar širine. Sličan je bajkovitoj gljivi sa svojim crvenim laticama, žutosmeđim čvorovima i čvorićima latica.
Drveće mangrove
Ova ugrožena stabla nalaze se uz obalne obale amazonske kišne šume. Sprječavaju eroziju usporavanjem protoka sedimenta tijekom napredovanja uz rijeke i potoke, a štite obalu kišne šume.
Stablo Kapok
Ovo veliko tropsko drvo može narasti do visine od 150 metara. Grane se dobro protežu od debla i rastu u vodoravnim slojevima, što ga čini dobrim gnijezdom za ptice, a krošnja je u obliku kišobrana. Žabe se uzgajaju i žive u bromelijskim bazenima u donjim dijelovima stabla, a sisavci žive u visokim granama i također ih koriste kao autoceste.
Ekvadorski cvijet kišne šume
Cvijet ove ugrožene biljke je sitan i žut i ljubičast. Kao što i samo ime govori, nalazi se u ekvadorskom području amazonske kišne šume.
Bromelije
U amazonskoj kišnoj šumi ima više od 2.700 vrsta bromelija, a oko jedne trećine ih je ugroženo. Neke su bromelije toliko teške da mogu slomiti stabla s kojih rastu. Ananas i španjolska mahovina dvije su najčešće bromelije. Otrovne žabe strelice polažu jajašca u ugroženu bromeliju tenka.