Tek nešto manji od američke savezne države Kolorado, ekosustavi Novog Zelanda suočavaju se s mnogima ekološki izazovi jer je zemlja i ekonomski razvijena država i otok zajednica. Iako se mnoge razvijene zemlje poput Sjedinjenih Država suočavaju sa sličnim prijetnjama ekosustava, poput invazivnih vrsta i industrijskog zagađenja, otočne države poput Novog Zelanda suočavaju se s povećanim prijetnjama zbog globalnog porasta razine mora i pritiska na prirodne resurse poput oceana ribarstvo.
Invazivne vrste
Unošenje tuđih životinja i biljaka u ekosustave Novog Zelanda ozbiljno je utjecalo na zdravlje domaćih vrsta. Kivi, ptica koja ne leti, koja je nacionalna životinja u zemlji, suočava se s prijetnjom izumiranja s 90 posto prema New Zealand Department of Conservation, sve nove piliće ubijaju invazivne vrste poput stoata. Invazivne biljke poput penjaćih šparoga također utječu na šumske ekosustave Novog Zelanda šireći se po podzemlju i sprečavajući obnavljanje domaćih biljaka.
Industrijsko zagađenje
Procjenjuje se da je polovina svih jezera na Novom Zelandu zagađena, većina rijeka ne udovoljava zdravstvenim standardima za plivanje, a polovica svih domaćih riba navedena je kao ugrožene vrste, prema šumama i pticama organizacija. Zdravlje ovih plovnih putova i njihovih ekosustava pogoršava se isušivanjem prirodnih močvara, koje djeluju kao filtri za slatkovodna tijela. Organizacija Forest and Bird procjenjuje da je 90 posto močvara Novog Zelanda isušeno za uokvirivanje i razvoj.
Klimatske promjene
Kao otočna država, ekosustavima Novog Zelanda također prijeti porast razine mora izazvan globalnim klimatskim promjenama izazvanim čovjekom. Novozelandsko Ministarstvo zaštite okoliša predviđa da će predviđeni porast razine mora dovesti do povećana erozija obale i veći upad morske vode, među ostalim, u bočasta ušća prijetnje. Takve promjene prijete ekosustavima dina i priobalnih zajednica, koji se mogu izgubiti erozijom, te ekosustavima ušća koji nisu u stanju tolerirati slanost čiste morske vode.
Smanjenje biološke raznolikosti
Raznolikost i zdravlje biljaka i životinja pomažu u definiranju jakog ekosustava i obično se nazivaju bioraznolikost. Na Novom Zelandu lov i uništavanje staništa doveli su do onoga što Ministarstvo zaštite okoliša smatra "ozbiljnim padom". Dužnosnici procjenjuju da je 32 posto izvornih kopnenih i slatkovodnih ptica na Novom Zelandu je izumrlo i smatra se dodatnih 800 vrsta životinja, biljaka i gljivica prijetili.
