हाइड्रोजन (H2) विस्फोटक रूप से ऑक्सीजन (O2) के साथ मिलकर पानी (H2O) बनाता है। प्रतिक्रिया एक्ज़ोथिर्मिक है, दूसरे शब्दों में यह ऊर्जा जारी करती है। इसलिए हाइड्रोजन और ऑक्सीजन का उपयोग दशकों से रॉकेट ईंधन के रूप में किया जाता रहा है, पर्यावरण के लिए लाभ के कारण नहीं, बल्कि इसलिए कि ईंधन का पूरा भार प्रज्वलित होता है। यह प्रक्रिया 1990 के दशक में कुछ लोगों को साफ-सुथरी जलाने की सलाह दी गई थी, कि कार ईंधन के रूप में भी इसके उपयोग का विस्तार करना पर्यावरण के अनुकूल होगा। हालांकि इस विचार को वैज्ञानिक आधार पर तुरंत खारिज कर दिया गया था, लेकिन हाल के वर्षों में इस विचार ने पुनर्जन्म का अनुभव किया है।
ईंधन के रूप में हाइड्रोजन के समर्थकों का मानना है कि हाइड्रोकार्बन से हाइड्रोजन ईंधन पर स्विच करना पर्यावरण के लिए फायदेमंद है। विशेष रूप से, वे उस स्वच्छता के बारे में बात करते हैं जिसके साथ हाइड्रोजन जलता है, केवल ऊर्जा और पानी का उत्पादन करता है। हालांकि, यह उत्पादन के अंत की उपेक्षा करता है, जो अत्यधिक प्रदूषक है।
संयुक्त राज्य अमेरिका में वर्तमान में उत्पादित हाइड्रोजन का लगभग 95 प्रतिशत प्राकृतिक गैस प्रसंस्करण से आता है जिसे "स्टीम मीथेन रिफॉर्मिंग" कहा जाता है। यद्यपि प्रक्रिया प्राकृतिक गैस का उपयोग करती है, उत्पादन CO2 का एक बड़ा सौदा बनाता है - हाइड्रोजन ईंधन के प्रभाव समर्थकों के विपरीत देना।
हाइड्रोलिसिस (बिजली का उपयोग करके) द्वारा हाइड्रोजन और ऑक्सीजन का पृथक्करण भाप मीथेन सुधार की तुलना में बहुत कम लोकप्रिय है क्योंकि यह इतना अक्षम है; केवल लगभग 70 प्रतिशत। डॉक्यूमेंट्री के अनुसार "हू किल्ड द इलेक्ट्रिक कार?" बिजली से बनी हाइड्रोजन से चलने वाली ईंधन सेल कार बैटरी से चलने वाली कार की तुलना में तीन से चार गुना अधिक ऊर्जा का उपयोग करती है। यह अंतर और बढ़ने की उम्मीद है क्योंकि बैटरी तकनीक में सुधार जारी है।
इसके उत्पादन और उपयोग के कई चरणों के दौरान हाइड्रोजन रिसाव हो सकता है। साइंस मैगज़ीन ने जून 2003 में बताया कि हाइड्रोजन ईंधन के व्यापक उपयोग से हाइड्रोजन रिसाव सीएफसी की तुलना में ओजोन को तेजी से निगल जाएगा। सुरक्षात्मक ओजोन परत के क्षरण को रोकने के लिए दुनिया भर में क्लोरोफ्लोरोकार्बन पर प्रतिबंध लगा दिया गया है।
हाइड्रोजन कारें इलेक्ट्रिक कारों की कहीं अधिक दक्षता से ध्यान हटाकर पर्यावरण को और नुकसान पहुंचाती हैं। AeroVironment के रिसर्च इंजीनियर वैली रिपेल ने तर्क दिया कि GM और शेल एक तरह से हाइड्रोजन ईंधन कोशिकाओं को आगे बढ़ा रहे हैं एक ऐसी तकनीक के साथ जनता का ध्यान भटकाने के लिए जो भविष्य में वर्तमान मांग को नुकसान पहुंचाने के लिए बहुत दूर है - और इसलिए स्थिति को बनाए रखने के लिए कार्य करती है यथा. इसके विपरीत, अमेरिकी ऊर्जा सचिव और नोबेलिस्ट स्टीवन चू ने हाइड्रोजन ईंधन सेल अनुसंधान के लिए अपने DoE बजट में सभी $ 100M को रद्द करने का आह्वान किया है।
पर्यावरण के अनुकूल ईंधन के रूप में हाइड्रोजन को बचाने के लिए शोधकर्ता जिन दो संभावनाओं का अनुसरण कर रहे हैं, वे इस प्रकार हैं। Argonne National Lab वाष्प मीथेन सुधार प्रक्रिया के दौरान CO2 कैप्चर का अध्ययन कर रही है। और ऑस्ट्रेलिया में शोधकर्ता सौर-चालित आवासीय हाइड्रोजन पंप पर काम कर रहे हैं - अपने स्वयं के गेराज छत पर फोटोवोल्टिक का उपयोग करके हाइड्रोलिसिस द्वारा हाइड्रोजन ईंधन बनाना।