सूक्ष्मदर्शी का उपयोग कई अलग-अलग क्षेत्रों में सूक्ष्म नमूनों का निरीक्षण करने के लिए किया गया है। किसी दिए गए नमूने के विभिन्न पहलुओं को देखने के लिए विभिन्न प्रकार के सूक्ष्मदर्शी होते हैं, जिनमें से प्रत्येक के अपने तरीके होते हैं। अधिकांश सूक्ष्मदर्शी में वस्तुनिष्ठ लेंस और एक ऐपिस लेंस का एक सेट होता है जो एक बढ़ी हुई छवि को देखने की अनुमति देता है। बाद में विश्लेषण करने के लिए चित्र लेने के लिए कई सूक्ष्मदर्शी में एक कैमरा भी जोड़ा जा सकता है। शिक्षण सूक्ष्मदर्शी में आम तौर पर ऐपिस के दो सेट होते हैं ताकि कोई अन्य व्यक्ति उसी छवि को देख सके जो उपकरण संचालित करने वाला व्यक्ति है।
यौगिक
प्रयोगशालाओं में उपयोग किया जाने वाला सबसे सस्ता और सामान्य सूक्ष्मदर्शी यौगिक सूक्ष्मदर्शी है। ये सूक्ष्मदर्शी वस्तुओं को बड़ा करने के लिए विभिन्न शक्तियों के लेंस का उपयोग करते हैं। यौगिक सूक्ष्मदर्शी में आमतौर पर एक ऐपिस, दर्पणों का एक सेट और एक साथ काम करने वाले ऑब्जेक्टिव लेंस होते हैं। छवियों को दो आयामों में देखा जाता है। माइक्रोस्कोप कैमरा अटैचमेंट की मदद से प्रेक्षक बाद में विश्लेषण के लिए छवियों को सहेज सकता है।
स्कैनिंग इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप
स्कैनिंग इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप 3-डी छवि के साथ वस्तुओं का निरीक्षण करने में सक्षम है। छवियों में उच्च आवर्धन और उच्च रिज़ॉल्यूशन होता है, लेकिन वे काले और सफेद रंग में दिखाई देते हैं। विस्तृत चित्र बनाने के लिए, एक नमूने को सोने के कणों में लेपित किया जाता है। छवि बनाने के लिए इलेक्ट्रॉन सोना चढ़ाना से उछलते हैं। इस प्रकार का सूक्ष्मदर्शी बहुत छोटी वस्तुओं को बारीक विस्तार से देखने में उपयोगी होता है और छवियों को बाद में देखने के लिए सहेजा जाता है। देखी जाने वाली सामान्य वस्तुएं बैक्टीरिया, वायरस और कुछ सेलुलर घटकों की विस्तृत छवियां हैं।
इलेक्ट्रान सम्प्रेषित दूरदर्शी
इस प्रकार का माइक्रोस्कोप एक नमूने से गुजरने के लिए इलेक्ट्रॉनों का उपयोग करता है। उच्च रिज़ॉल्यूशन और उच्च आवर्धन के साथ पतली स्लाइस बनाकर द्वि-आयामी छवियां तैयार की जाती हैं। ट्रांसमिशन इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप केवल सतह ही नहीं, बल्कि नमूने की मोटाई के माध्यम से चित्र प्राप्त करने में उपयोगी होते हैं। चूंकि वे महंगे हैं, इसलिए इन सूक्ष्मदर्शी प्रमुख अनुसंधान सुविधाओं और विश्वविद्यालयों में पाए जाने की अधिक संभावना है।
स्टिरियोस्कोप
स्टीरियोस्कोप का उपयोग वस्तुओं को तीन आयामों में देखने के लिए किया जा सकता है। आवर्धन अन्य प्रकार के सूक्ष्मदर्शी की तरह मजबूत नहीं है, लेकिन यह आपको उन विवरणों को देखने की अनुमति देता है जो अन्यथा नग्न आंखों से नहीं देखे जा सकते। उन्हें "विच्छेदन" सूक्ष्मदर्शी भी कहा जाता है क्योंकि वे आमतौर पर छोटे नमूनों के विच्छेदन में सहायता के लिए उपयोग किए जाते हैं।
प्रतिदीप्ति माइक्रोस्कोप
एक छवि कैसे बनाई जाती है, इसे अलग करके नमूने के विभिन्न पहलुओं को देखने के लिए माइक्रोस्कोप का उपयोग किया जा सकता है। प्रतिदीप्ति सूक्ष्मदर्शी रंगों के साथ बातचीत करने के लिए प्रकाश के विशिष्ट रंगों का उपयोग करते हैं। जैसे ही रंग प्रकाशित होते हैं, कुछ संरचनाओं को अलग किया जा सकता है और उनके संबंधित रंगों के साथ देखा जा सकता है। इस प्रकार का सूक्ष्मदर्शी कोशिका के भीतर विशिष्ट प्रोटीनों का निरीक्षण करने के लिए उपयोगी होता है। माइक्रोस्कोप से छवियों को कैप्चर करने के लिए आमतौर पर एक कैमरा जुड़ा होता है।