बैक्टीरिया छोटे, एकल-कोशिका वाले जीव हैं जो मानव के लिए फायदेमंद और हानिकारक दोनों हैं। बैक्टीरिया के कुछ रूप हमें जीने में मदद करते हैं, जैसे कि वे जो हमारी आंतों में भोजन को तोड़ने में मदद करते हैं। अन्य रूप, जैसे कि बैक्टीरिया जो बुबोनिक प्लेग का कारण बनते हैं, यदि अनुपचारित छोड़ दिया जाए तो वे एक व्यक्ति को मार सकते हैं। बैक्टीरिया कई तरह के होते हैं और वे अलग-अलग तरीकों से सांस लेते हैं। जीवाणु श्वसन की दो प्राथमिक विधियाँ एरोबिक श्वसन और अवायवीय श्वसन हैं।
एरोबिक रूप से श्वसन करने वाले जीवाणुओं को जीने के लिए ऑक्सीजन की आवश्यकता होती है। वे ऑक्सीजन का उपयोग ईंधन के रूप में ऊर्जा जलाने में मदद करने के लिए करते हैं और उन्हें जीवन के लिए आवश्यक ऊर्जा प्रदान करते हैं। इस प्रकार का जीवाणु श्वसन उसी प्रकार का होता है जिसका उपयोग मनुष्य करते हैं, इसलिए शब्द "एरोबिक व्यायाम" है। बैक्टीरिया से एरोबिक श्वसन का प्रमुख उपोत्पाद कार्बन डाइऑक्साइड है।
कई प्रकार के जीवाणु अवायवीय रूप से श्वसन करते हैं। दूसरे शब्दों में, वे मौजूद ऑक्सीजन के बिना श्वसन की प्रक्रिया से गुजर सकते हैं। अपने भोजन में ऊर्जा को जलाने में मदद करने के लिए ऑक्सीजन का उपयोग करने के बजाय, इस प्रकार के बैक्टीरिया अन्य प्राकृतिक रूप से पाए जाने वाले रसायनों का उपयोग रासायनिक प्रतिक्रियाओं को बनाने और उन्हें आवश्यक ऊर्जा जारी करने के लिए करते हैं। प्राकृतिक रूप से पाए जाने वाले सामान्य रसायनों में नाइट्रेट्स, सल्फेट्स और कार्बन डाइऑक्साइड शामिल हैं। बैक्टीरिया में अवायवीय श्वसन आम तौर पर कई उपोत्पाद बनाता है। इनमें से कई उपोत्पाद मनुष्यों के लिए जहरीले या खतरनाक हो सकते हैं और इसमें इथेनॉल और हाइड्रोजन शामिल हैं।