विस्कॉन्सिन विश्वविद्यालय की बायोवेब वेबसाइट के अनुसार, एक पीसीआर प्राइमर एक छोटा, सिंथेटिक ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड (आमतौर पर 18 के बीच) होता है। पोलीमरेज़ चेन रिएक्शन के रूप में जानी जाने वाली आणविक जीव विज्ञान तकनीक में डीएनए के विशिष्ट क्षेत्रों को बढ़ाने के लिए उपयोग किया जाता है (पीसीआर)। फॉरवर्ड और रिवर्स प्राइमर दोनों की जरूरत होती है, जिसे डीएनए स्ट्रैंड के रिवर्स कंप्लीमेंट के रूप में डिजाइन किया जाता है, ताकि वांछित डीएनए क्षेत्र में फ्लैंक और बाइंड हो सके। जब वैज्ञानिक किसी विशिष्ट जीन या डीएनए के क्षेत्र पर शोध करना चाहते हैं, तो उन्हें काम करने के लिए पर्याप्त लक्ष्य क्षेत्र हासिल करने के लिए पहले पीसीआर करने की आवश्यकता होती है। रुचि के क्षेत्र के लिए प्राइमर अनुक्रमों को डिजाइन करना आवश्यक हो सकता है यदि वे पहले से प्रकाशित शोध या व्यावसायिक माध्यमों से पहले से उपलब्ध नहीं हैं।
रुचि के जीन या डीएनए क्षेत्र के न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम प्राप्त करें और तय करें कि आप कितने समय तक एक टुकड़े को बढ़ाना चाहते हैं। फॉरवर्ड और रिवर्स प्राइमर को वांछित टुकड़े की शुरुआत और अंत में बांधने के लिए डिज़ाइन किया गया है। आमतौर पर, पारंपरिक पीसीआर विधियां प्राइमर का उपयोग करती हैं जो 100 से 1,000 आधार जोड़े के बीच एक क्षेत्र को लंबा करती हैं, जबकि रीयल-टाइम पीसीआर विधियां लगभग 50 से 200 बेस जोड़े लंबे टुकड़ों का उपयोग करती हैं।
तय करें कि आप किस क्रम में प्राइमरों को झूठ बोलना चाहते हैं। उदाहरण के लिए, हो सकता है कि आप क्रम के 5' या 3' छोर के पास या बीच में स्थान चाहते हों। यदि वांछित है, तो एक इंट्रॉन का विस्तार करने के लिए प्राइमरों का स्थान निर्दिष्ट करें।
डिज़ाइन प्राइमरों की लंबाई 18 से 24 आधार होनी चाहिए। विन्सेंट आर. ब्रिंकमैन इंस्ट्रूमेंट्स इंक से प्रीज़ियोसो, पीएचडी, सुझाव देते हैं कि यह लंबाई वांछित डीएनए क्षेत्र के लिए बेहद विशिष्ट होने के लिए काफी लंबी है, लेकिन आसानी से बांधने (एनील) करने के लिए पर्याप्त है। प्राइमरी मेल्टिंग टेम्परेचर (Tm) 55 से 80 डिग्री सेल्सियस के बीच होना चाहिए, जो 90 डिग्री सेल्सियस पर या उससे ऊपर पूरी तरह से पिघलने के लिए पर्याप्त कम है, लेकिन एनीलिंग की अनुमति देने के लिए पर्याप्त है। GC सामग्री (क्रम में Gs और Cs का प्रतिशत) ४० से ६० प्रतिशत के बीच होनी चाहिए। बाइंडिंग को बढ़ावा देने के लिए प्राइमर सीक्वेंस का 3' सिरा C या G (जिसे GC क्लैम्प कहा जाता है) में समाप्त होना चाहिए, क्योंकि G और C न्यूक्लियोटाइड में मजबूत बंधन होते हैं, हालांकि, अनुक्रम के अंतिम पांच आधारों में तीन या अधिक Gs या Cs होने से बचें।
चार या एक से अधिक बेस (जैसे ACCCC...) या चार या अधिक डाइ-न्यूक्लियोटाइड दोहराव (जैसे ATATATAT...) के रन बनाने से बचें क्योंकि वे गलत तरीके से भड़काने का कारण बन सकते हैं। बिना इंट्रा-प्राइमर होमोलॉजी वाले प्राइमर डिज़ाइन करें (तीन से अधिक आधार जो एक के भीतर पूरक हैं प्राइमर ही) या इंटर-प्राइमर होमोलॉजी (जहां फॉरवर्ड और रिवर्स प्राइमर में पूरक हैं अनुक्रम)। यह सेल्फ-डिमर या प्राइमर-डिमर का कारण बन सकता है, जहां प्राइमर वांछित डीएनए अनुक्रम के लिए बाध्य होने के बजाय खुद को बांधते हैं।
ऑनलाइन संसाधनों और वेबसाइटों का उपयोग करें जो प्राइमर डिज़ाइन में सहायता करते हैं या स्वयं-पूरकता के लिए प्राइमर अनुक्रमों की जांच करने में सहायता करते हैं या हेयरपिन जैसी माध्यमिक संरचनाएं बनाने की क्षमता रखते हैं। कुछ प्राइमर डिजाइन वेबसाइटों में मैसाचुसेट्स इंस्टीट्यूट ऑफ टेक्नोलॉजी का प्राइमर3, नेशनल सेंटर फॉर बायोटेक्नोलॉजी इंफॉर्मेशन का प्राइमर-ब्लास्ट और इंटीग्रेटेड डीएनए टेक्नोलॉजीज का ओलिगोएनालाइजर शामिल हैं।