एक अज्ञात नमूने से रासायनिक यौगिकों को अलग करने के लिए वैज्ञानिक प्रयोगशालाओं में क्रोमैटोग्राफिक तकनीकों का प्रदर्शन किया जाता है। नमूना एक विलायक में घुल जाता है और एक स्तंभ के माध्यम से बहता है, जिसमें यह स्तंभ की सामग्री के खिलाफ यौगिक के आकर्षण से अलग होता है। स्तंभ सामग्री के लिए यह ध्रुवीय और गैर-ध्रुवीय आकर्षण सक्रिय बल है जो यौगिकों को समय के साथ अलग करने का कारण बनता है। आज इस्तेमाल की जाने वाली दो प्रकार की क्रोमैटोग्राफी गैस क्रोमैटोग्राफी (जीसी) और उच्च प्रदर्शन तरल क्रोमैटोग्राफी (एचपीएलसी) हैं।
गैस क्रोमैटोग्राफी नमूने को वाष्पीकृत कर देती है और इसे हीलियम जैसी अक्रिय गैस द्वारा सिस्टम के साथ ले जाया जाता है। हाइड्रोजन का उपयोग बेहतर पृथक्करण और दक्षता पैदा करता है, लेकिन कई प्रयोगशालाएं इस गैस के ज्वलनशील स्वभाव के कारण इसके उपयोग पर रोक लगाती हैं। तरल क्रोमैटोग्राफी का उपयोग करते समय, नमूना अपनी तरल अवस्था में रहता है और पानी, मेथनॉल या एसीटोनिट्राइल जैसे विभिन्न सॉल्वैंट्स द्वारा उच्च दबाव में स्तंभ के माध्यम से धकेल दिया जाता है। प्रत्येक विलायक की अलग-अलग सांद्रता प्रत्येक यौगिक की क्रोमैटोग्राफी को अलग तरह से प्रभावित करेगी। नमूना अपने तरल अवस्था में रहने से यौगिक की स्थिरता बढ़ जाती है।
गैस क्रोमैटोग्राफी कॉलम में बहुत छोटा आंतरिक व्यास होता है और उनकी लंबाई 10 से 45 मीटर तक हो सकती है। इन सिलिका-आधारित स्तंभों को एक गोलाकार धातु के फ्रेम के साथ कुंडलित किया जाता है और 250 डिग्री फ़ारेनहाइट के तापमान तक गर्म किया जाता है। तरल क्रोमैटोग्राफी कॉलम भी सिलिका आधारित होते हैं लेकिन उच्च मात्रा में आंतरिक दबाव का सामना करने के लिए एक मोटी धातु आवरण होता है। ये कॉलम कमरे के तापमान के तहत काम करते हैं और लंबाई में 50 से 250 सेंटीमीटर तक होते हैं।
गैस क्रोमैटोग्राफी में, सिस्टम में इंजेक्ट किए गए नमूने को स्तंभ के माध्यम से ले जाने से पहले लगभग 400 डिग्री फ़ारेनहाइट पर वाष्पीकृत किया जाता है। इस प्रकार, यौगिक को किसी अन्य अणु में बिना टूटे या अवक्रमित किए उच्च तापमान पर गर्मी का सामना करने में सक्षम होना चाहिए। तरल क्रोमैटोग्राफिक सिस्टम वैज्ञानिक को बड़े और कम स्थिर यौगिकों का विश्लेषण करने की अनुमति देते हैं क्योंकि नमूना गर्मी के अधीन नहीं होता है।