विभिन्न जानवरों के बीच संबंध टैक्सोनॉमी के माध्यम से स्थापित होते हैं। टैक्सोनॉमी जीवित चीजों का वर्गीकरण है। इन वर्गीकरणों को सबसे बड़े समूह से जानवरों की एक अलग प्रजाति तक निम्नानुसार तोड़ा जाता है: किंगडम, फाइलम, सबफाइलम, क्लास, ऑर्डर, परिवार, जीनस, प्रजातियां। जो जानवर एक ही प्रजाति के हैं, वे बहुत निकट से संबंधित हैं, और एक ही राज्य के जानवर बहुत दूर से संबंधित हैं। उदाहरण के लिए, सभी जानवर एक साम्राज्य का हिस्सा हैं, एनिमिया, और सभी पौधे प्लांटिया राज्य में हैं।
सभी मकड़ियाँ और केकड़े आर्थोपोडिया फ़ाइलम में हैं, जैसा कि सभी कीड़े हैं। आर्थ्रोपोड शारीरिक रूप से इस तथ्य से प्रतिष्ठित हैं कि वे सभी खंडित, संयुक्त पैर हैं और एक एक्सोस्केलेटन है। जबकि केकड़ों और मकड़ियों दोनों को एक ही समूह में समूहीकृत किया जाता है, इसका मतलब यह नहीं है कि वे आवश्यक रूप से निकट से संबंधित हैं। उदाहरण के लिए, रीढ़ की हड्डी वाले सभी जानवर कॉर्डाटा फाइलम में होते हैं। लेकिन यह स्पष्ट है कि हालांकि मछली और बंदर दोनों में रीढ़ होती है, लेकिन वे बहुत अलग हैं।
मकड़ियों और अधिकांश केकड़ों के बीच विभाजन सबफाइलम स्तर पर होता है। मकड़ियाँ सबफ़िलम चेइलसेराटा में हैं, जबकि अधिकांश केकड़े सबफ़िलम मैंडिबुलता में हैं। अंतर काफी हद तक यह है कि केकड़ों में एक मेम्बिबल, एक प्रकार का जबड़ा होता है, और मकड़ियों के पास चीलेरे होते हैं, जो मुंह के हिस्से होते हैं जो मुंह के सामने दिखाई देते हैं। मकड़ियों के "नुकीले" चीलेरे होते हैं।
घोड़े की नाल के केकड़े मकड़ियों के समान उपसंघ में होते हैं, चेइलसेराटा। यह घोड़े की नाल के केकड़ों को अन्य केकड़ों की तुलना में मकड़ियों से अधिक निकटता से संबंधित बनाता है। मकड़ियों की तरह, घोड़े की नाल के केकड़ों में एक मेम्बिबल नहीं होता है और इसके बजाय उनके मुंह के हिस्सों के सामने चीलेरे होते हैं। मकड़ियों और घोड़े की नाल केकड़ों को वर्ग के स्तर पर बांटा गया है। मकड़ी अरचिन्डा वर्ग में हैं, जबकि घोड़े की नाल केकड़े मेरोस्टोमाटा वर्ग में हैं।
एक अन्य केकड़े जैसा प्राणी मौजूद था और इसे उपफाइलम चेइलसेराटा में भी वर्गीकृत किया गया है। इन्हें "समुद्री बिच्छू" कहा जाता है। वे लगभग 250 मिलियन वर्ष पहले विलुप्त हो गए थे। इन "बिच्छुओं" की पूंछ के पीछे एक बड़ा डंक था और लंबाई में 6 फीट से बड़ा हो गया था। यह उन्हें संभवतः अब तक का सबसे बड़ा आर्थ्रोपॉड बनाता है। सबफाइलम चेइलसेराटा में उनका समावेश इन प्राचीन केकड़े जैसे बिच्छुओं को भी केकड़ों की तुलना में मकड़ियों से अधिक निकटता से संबंधित बनाता है।