Geelielektroforeesilaboratoriot

Geelielektroforeesi on laboratorioissa käytetty menetelmä DNA-säikeiden mittaamiseen ja lajitteluun. Se on välttämätöntä, koska DNA on normaaleissa olosuhteissa liian pieni manipuloitavaksi, vaikka sitä katsottaisiin useimmilla mikroskoopeilla. Geelielektroforeesilaboratorio käyttää suhteellisen yksinkertaista menettelyä, ja samaa perustekniikkaa voidaan käyttää myös yksittäisten proteiinien erottamiseen.

Geelielektroforeesimenettelyn aloittamiseksi sinun on ensin luotava geeli. Tyypillisesti geelit valmistetaan ohuina levyinä käyttämällä agaroosiksi kutsuttua ainetta. Jauhettu agaroosi asetetaan pulloon, jota seuraa suolapitoinen vesiliuos, jota kutsutaan puskuriksi. Tätä agaroosin ja puskurin seosta kuumennetaan, kunnes molemmat aineet sulavat yhdessä, kaadetaan sitten muodostusmuottiin. Kammeksi kutsuttu laite sijoitetaan sitten muotin toiseen päähän ennen kuin geeli jäähtyy. Kun geeli on jäähtynyt, kampa poistetaan, jättäen vähän uria, joita käytetään DNA-näytteiden pitämiseen.

Jäähdytetyn agaroosiseoksen (nimeltään geelimatriisi) erityinen ominaisuus johtuu siitä, että se on muodostettu suolavedellä. Kun sähköistetään, matriisi muuttuu johtavaksi, jolloin sähkö virtaa pituudeltaan. Toinen geelimatriisin erityinen ominaisuus on säännöllisten, mikroskooppisten reikien läsnäolo. Nämä reiät antavat DNA-säikeiden kulkea geelimatriisin läpi ja helpottavat lajitteluprosessia.

Seuraava askel on luoda elektroforeesikammio. Tämä on pieni suorakaiteen muotoinen laatikko, joka on kytketty positiiviseen ja negatiiviseen sähköliitäntään kummassakin päässä. Huoneet ovat tyypillisesti matalia, riittävän pieniä, jotta ne mahtuivat pöytälevylle, ja ne on rakennettu kirkkaista materiaaleista, kuten pleksilasista.

Suolavesiliuos kaadetaan elektroforeesikammion pohjaan ja geelimatriisi upotetaan hieman tämän liuoksen sisään. Suolaisella vedellä on kaksi tarkoitusta: sähkön virtauksen edistäminen ja geelimatriisin pitäminen kosteana. Koska DNA: ta ajaa negatiivinen varaus, aseta matriisi niin, että näytteesi sijaitsevat negatiivisen sähköliitännän vieressä.

Sitten valmistetaan DNA-näytteet. Koska DNA: ta liuoksessa on vain mahdotonta nähdä, kuhunkin yksittäiseen näytteeseen lisätään väriainetta, jota kutsutaan latauspuskuriksi. Tämä aine myös sakeuttaa DNA-liuosta, mikä tekee siitä vähemmän juoksevaa ja toimivampaa. Siirrä DNA-liuos pipetillä geelimatriisin kuhunkin vuorotellen aukkoon. Aseta jokaisen näytteen väliin tyhjään aukkoon jokin DNA-liuos, jonka pituus tiedät jo (kutsutaan DNA-standardiksi) kokeiden hallintaa ja vertailua varten.

Kytke nyt päälle elektroforeesikammio. Negatiivisen voiman alla DNA-näytteesi pakotetaan kammion pituudelle. Pienet DNA-säikeet liikkuvat nopeammin geelimatriisin läpi, ja lyhyessä ajassa ne erottavat itsensä pidemmistä, hitaammista säikeistä. Väriaineessa olevan väriaineen avulla voit seurata DNA: n seurantaa. Et voi nähdä yksittäisiä DNA-säikeitä, mutta samanpituiset säikeet kasaantuvat yhteen.

Kun DNA on lajiteltu, matriisi poistetaan elektroforeesikammiosta. DNA värjätään sitten helpomman mittaamisen ja tutkimuksen mahdollistamiseksi.