Mikroskooppia käytetään useilla tieteenaloilla moniin eri tarkoituksiin. Olipa kyseessä rikostekninen tutkimus tai perinteinen lääketiede, mikroskooppi on välttämätön väline.
Kudosanalyysi
Histologien on tavallista tutkia soluja ja kudoksia mikroskoopilla. Esimerkiksi, jos osa kudoksesta otetaan analysoitavaksi, histologit voivat käyttää mikroskooppia yhdessä muiden työkalujen kanssa selvittääkseen, onko näyte syöpä.
Rikosteknisten todisteiden tutkiminen
Rikospaikalla kerätyt todisteet voivat sisältää tietoja, joita ei ole paljaalla silmällä. Esimerkiksi luotien juovia voidaan tutkia mikroskoopilla sen selvittämiseksi, vastaavatko ne tietystä aseesta ammuttuja luoteja.
Ekosysteemin terveyden määrittäminen
On yleistä, että kenttäbiologit seuraavat tietyn ekosysteemin, kuten virran, käyttämällä mikroskooppeja organismien määrän ja monimuotoisuuden tunnistamiseksi tietyllä alueella yli aika.
Proteiinin roolin tutkiminen solussa
Tutkijoiden mielestä mikroskoopit ovat korvaamaton työkalu tutkittaessa proteiinien toimintaa soluissa. Nykypäivän tekniikan avulla monet proteiinit voidaan merkitä tunnisteella ja tutkia elävissä soluissa.
Atomirakenteiden tutkiminen
Tehokkaat mikroskoopit, kuten atomivoimamikroskoopit, ovat auttaneet tutkijoita tutkimaan yksittäisten atomien pintoja.