Voit jakaa organismit kahteen laajaan luokkaan sen mukaan, miten ne saavat ruokansa. Kasvien tavoin autotrofit tekevät omat ruokansa hyödyntämällä auringonvalosta tai kemiallisista reaktioista peräisin olevaa energiaa, kun taas lehmien kaltaiset heterotrofit saavat energiansa muista organismeista. Jäkälä on kuitenkin hieman epätavallinen, koska se on oikeastaan kahden eri organismin - heterotrofin ja autotrofin - välinen kumppanuus.
Sienet
Jäkälät eivät ole yksittäisiä organismeja, joten niitä ei voida yksinkertaisesti luokitella joko autotrofeiksi tai heterotrofeiksi. Jäkälä muodostuu itse asiassa monisoluisesta sienestä, jonka filamentit tai hifat sulkevat joko levät tai syanobakteerit. Sieni suojaa yksisoluisia leviä tai syanobakteereja voimakkaalta auringonvalolta ja kuivilta olosuhteilta. Ilman sientä levät tai syanobakteerit eivät kykenisi selviytymään kuivilla, tuulenpaisuilla kivillä, joissa jäkälä usein kukoistaa. Kun vettä tulee saataville, sieni imee sen nopeasti ja kuivuu sitten vain hitaasti mahdollistaen sen levät ja syanobakteerit käärittyinä filamentteihinsa pysyäkseen kosteina ja aktiivisina niin kauan kuin mahdollista.
Levät
Levät ja syanobakteerit ovat fotosynteettisiä, mikä tarkoittaa, että ne käyttävät auringonvaloa sokereiden valmistamiseen ilmassa olevasta hiilidioksidista. Toisin sanoen, ne ovat autotrofeja, jotka tekevät itse ruokansa. Sienet ovat sitä vastoin heterotrofeja, jotka riippuvat sokereista, joita ne saavat levistä tai syanobakteereista. Sienen ja levien symbioottinen kumppanuus on hyödyllinen molemmille osapuolille - levät tai syanobakteerit ansaitsevat suojaa ja tarjoavat ruokaa suojelijalleen vastineeksi.
Ravinteet
Jäkäläkumppanuudet, joihin liittyy syanobakteereja, ovat erityisiä joillakin mielenkiintoisilla tavoilla. Sienet tarvitsevat sokerin muodossa olevan energian lisäksi myös ravinteita ja erityisesti typpeä aminohappojen muodossa. Typpikaasua on runsaasti ilmakehässä, mutta se on hyödytön sienille, kunnes se muuttuu käyttökelpoiseen muotoon. Syanobakteerit "kiinnittävät" ilmakehän typpeä tai käyttävät sitä aminohappojen valmistamiseen sekä omaan käyttöön että niitä suojaaviin sieniin. Jäkälä on myös erittäin taitava imemään ravinteita, vaikka näitä ravintoaineita esiintyy hyvin pieninä pitoisuuksina.
Ekologia
Jäkälää ei voida luokitella autotrofiksi, koska se ei ole yksi organismi. Itse asiassa se toimii kuitenkin autotrofina, koska se valmistaa omaa ruokaa eikä ole riippuvainen muista organismeista. Itse asiassa erilaiset heterotrofit saavat tarvitsemansa energian jyrsimällä jäkälää. Esimerkiksi Pohjois-Amerikan porot ja karibu syövät jäkälää talvella, kun kasvillisuus on niukkaa. Heidän kykynsä asuttaa kaikkein epäystävällisimmätkin elinympäristöt takaavat, että jäkälällä on tärkeä rooli tienraivaajina ja joka valmistaa karuja ja kivisiä alueita myöhempään kasvien kasvuun.