Bakteerit, joita pidetään usein yksinkertaisimpina elämänmuotoina, muodostavat monipuolisen organismiryhmän. Bakteerien monimuotoisuus on johtanut tämän ryhmän jakamiseen kahteen elämänalueeseen, Eubacteria ja Archaea. Tästä monimuotoisuudesta huolimatta bakteereilla on useita ominaisuuksia, erityisesti prokaryoottisoluja. Lisäksi on olemassa useita ominaisuuksia, kuten soluseinän koostumus, joka on laajalti jaettu eubakteerien ja arkejalaiset, vaikka joidenkin bakteerien olemassaolo ilman näitä melkein kaikkialla esiintyviä ominaisuuksia korostaa niiden bakteerien olemassaoloa monimuotoisuus.
Yksisilmäinen
Ehkä suorin ominaisuus bakteereille on niiden olemassaolo yksisoluisina organismeina. Vaikka suurin osa bakteereista, sekä arkeista että eubakteereista, viettävät koko mikroskooppisen elinkaarensa itsenäisenä yksittäisenä solut, jotkut, kuten maaperässä asuvat myxobakteerit, muodostavat monisoluisten hedelmäkappaleiden osana elämäänsä sykli.
Organellit puuttuvat
Eukaryoottisoluilla, kuten kasvien, eläinten ja sienien soluilla, on kalvoon sitoutunut ydin, joka osittaa solun DNA: n muusta solusta. Muut näiden solujen toiminnot erotetaan myös erikoistuneisiin kalvoon sitoutuneisiin organelleihin, kuten mitokondriot soluhengitystä varten ja kloroplastit fotosynteesiin. Bakteereista puuttuu soluista ydin ja monimutkaiset organellit. Tämä ei tarkoita sitä, että bakteereilla ei ole sisäistä organisaatiota, koska niiden DNA eristetään usein bakteerisolun alueelle, joka tunnetaan nukleoidina. On kuitenkin tärkeää huomata, että nukleoidia ei ole fyysisesti erotettu muusta solusta kalvolla.
Plasman kalvo
Vaikka plasmakalvot ovat yleisiä kaikissa muissa elävissä soluissa, nämä kalvot eivät ole bakteerien piirre. Sisäisten organellien puuttuminen johtaa monien eukaryoottisoluissa esiintyvien toimintojen esiintymiseen bakteerien plasmamembraanilla. Esimerkiksi plasmamembraanin erityiset täytteet antavat fotosynteettisten bakteerien suorittaa valosta riippuvan - fotosynteesin reaktiot, joita fotosynteettiset eukaryootit johtavat tykaloidikalvoihin kloroplastia.
Soluseinät
Peptidoglykaanisoluseinä on yleinen piirre eubakteerien keskuudessa. Tämä soluseinä ympäröi bakteerisolun, mikä antaa voimaa ja estää repeämisen muuttuvissa ympäristöissä. Yksi perustutkimuksista bakteerien tunnistamiseksi on Gram-tahra, joka luokittelee eubakteerit gram-positiivisina tai gram-negatiivisina perustuen soluseinän kykyyn pitää kide violetti väriaine. Soluseinä on antibiootin penisilliinin ja sen johdannaisten kohde. Penisilliini estää soluseinän muodostumista ja voi tuhota seinät, erityisesti nopeasti kasvavilla ja lisääntyvillä bakteereilla. Jälleen kerran korostaen tämän ryhmän monimuotoisuutta, kaikilla eubakteereilla ei ole peptidoglykaanisoluseinää. Klamydian soluseinästä puuttuu peptidoglykaani. Mycoplasmasta puuttuu soluseinä. Arkeilla on myös soluseinä, mutta ne käyttävät muita aineita kuin peptidoglykaani.
DNA
Biologian oppikirjoissa graafisesti usein esitetyt useita, lineaarisia kromosomeja ovat spesifisiä eukaryooteille. Päinvastoin, sekä arkeilla että eubakteereilla on yhden ympyrän muotoinen kromosomi ja DNA-sekvenssi, joka on paljon lyhyempi kuin eukaryooteissa. Lyhyempi DNA-sekvenssi voidaan osittain selittää bakteerisolujen suhteellisen pienentyneellä monimutkaisuudella, mutta myös johtuu intronien vähentyneestä läsnäolosta - geenisegmentit, jotka poistetaan DNA: n translaation aikana proteiinia. Bakteerigenomia täydennetään pienemmillä DNA-fragmenteilla, joita kutsutaan plasmideiksi, vaikka ne eivät ole ainutlaatuisia bakteereille ja niitä esiintyy myös eukaryooteissa. Plasmidit replikoituvat bakteerisolussa bakteerikromosomista riippumatta, ja niitä voidaan vaihtaa eri bakteeriorganismien välillä. Plasmidit voivat antaa isäntäsolulle ominaisuuksia, kuten antibioottiresistenssin.