Prokaryoottisten ja eukaryoottisten solujen välillä on monia eroja. Jotkut näistä eroista ovat rakenteellisia, kun taas toiset menettelyllisiä. Kaksi prosessista, jotka ovat olennaisesti erilaisia prokaryoottien ja eukaryoottien välillä, ovat geeniekspressio ja sen säätely. Molemmat solutyypit transkriptoivat DNA: n mRNA: ksi, joka sitten muunnetaan polypeptideiksi, mutta näiden prosessien erityispiirteet eroavat toisistaan.
Sijainti
Prokaryooteista puuttuu ytimiä ja muita organelleja, jotka ovat erikoistuneita kalvoon sitoutuneita osastoja, kun taas eukaryooteilla on niitä. Itse asiassa sana "eukaryootti" tarkoittaa "todellista ydintä". Eukaryooteissa solun genomi sijaitsee ytimessä. Transkriptio tapahtuu siten ytimessä, ja mRNA-transkriptio viedään sen jälkeen ydinhuokosien (huokoset ytimen vaipassa) läpi sytoplasmaan käännettäväksi. Sitä vastoin prokaryoottinen transkriptio ja käännös eivät ole erillään alueellisesti tai ajallisesti.
Transkription aloittaminen
Promoottorielementit ovat lyhyitä DNA-sekvenssejä, jotka sitoutuvat solun transkription aloituskertoimiin. Prokaryooteilla on kolme promoottorielementtiä: yksi, joka on ylävirtaan transkriboitavasta geenistä, toinen, joka on 10 nukleotidia alavirtaan siitä ja toinen, joka on 35 nukleotidia alavirtaan. Eukaryooteilla on paljon suurempi joukko promoottorielementtejä, ensisijainen on TATA-laatikko. Eukaryoottisen transkription aloituskertoimet muodostavat initiaatiokompleksin, joka dissosioituu aloituksen lopussa. Prokaryoottisen transkription aloituskertoimet eivät koota aloituskompleksia.
Ribosomit
Ribosomit ovat RNA: sta ja proteiinista koostuvia translaatiokohtia, jotka sitoutuvat solun mRNA: han ja tRNA: han. Prokaryooteilla on 70S ribosomeja, kun taas eukaryooteilla on 80S ribosomeja. "S" viittaa sedimentaatiokertoimeen, joka mittaa hiukkasen kokoa, massaa ja muotoa. 80S-ribosomi koostuu 40S-alayksiköstä ja 60S-alayksiköstä, kun taas 70S-ribosomi koostuu 30S-alayksiköstä ja 50S-alayksiköstä.
Monikistroninen mRNA
Sen lisäksi, että prokaryooteilla ja eukaryooteilla on erilainen transkriptio- ja translaatiokoneisto, niiden geenisäätö eroaa toisistaan. Eukaryoottisääntely on paljon monimutkaisempi ja perustuu usein erilaisiin palautemekanismeihin, kehitysprosesseihin ja ympäristötekijöihin. Sitä vastoin prokaryootit säätelevät kokonaisia metaboliareittejä sen sijaan, että säätelisivät kutakin entsyymiä erikseen. Tietyn reitin bakteerientsyymit ovat vierekkäin solun DNA: ssa ja ne transkriptoidaan yhdeksi mRNA: ksi. Tätä mRNA: ta kutsutaan monikistroniseksi mRNA: ksi. Kun solu tarvitsee enemmän tai vähemmän reitin entsyymejä, se yksinkertaisesti transkriboi enemmän tai vähemmän kyseisen reitin mRNA: ta.