Biologit kuvaavat usein lajien välisiä suhteita haarautuvan puun muodossa, missä kukin niistä puun solmu osoittaa ajankohdan, jolloin uusi laji syntyi evoluutio. Monimutkainen tehtävä voi olla selvittää, kuinka lajit ovat yhteydessä toisiinsa ja kuka niistä kehittyi. Yksi tärkeimmistä periaatteista, joita biologit käyttävät näiden ns. Filogeneettisten puiden piirtämisessä, on parsimonian periaate.
Parsimonian periaate väittää, että yksinkertaisin kilpaileva selitys on todennäköisesti oikea. 1400-luvulta peräisin olevan logiikan William Ockamin kehittämä teoria tunnetaan myös nimellä Occamin partaveitsi.
Biologit käyttävät parsimony-periaatetta piirtämällä filogeneettisiä puita. Fylogeneettisen puun piirtämiseksi sinun on ensin määritettävä, mitkä ryhmän lajit liittyvät läheisimmin toisiinsa. Biologit vertaavat yleensä ryhmän lajien DNA: ta tai fyysisiä ominaisuuksia ja etsivät eroja. Biologiaan sovellettavan perimän periaatteen mukaan filogeneettinen puu, joka vaatii vähiten evoluutiomuutoksia, on se, jonka sinun pitäisi olettaa olevan oikea.
Yksinkertaisin esimerkki sisältää fyysiset ominaisuudet, kuten höyhenet. Oletetaan, että vertaat kolmea lajia nimeltä A, B ja C; A: lla ja B: llä on höyheniä ja C: llä ei. Parsimony-periaatteen perusteella voisitte päätellä, että kaksi höyhenlajia ovat läheisemmin yhteydessä toisiinsa (eli jakaa uudemman yhteisen esi-isänsä), koska siinä tapauksessa höyhenpiirteen tarvitsisi vain kehittyä kerran. Vaihtoehto tarkoittaisi, että yhteisestä esi-isästä syntyi A ja toinen laji, josta tuli nyt C: n ja B: n yhteinen esi-isä. Siinä tapauksessa höyhenpiirteen olisi pitänyt kehittyä kahdesti; parsimonian periaate väittää, että tämä ei ole oikea historia.
Luodakseen kaikkein yksinkertaisimmat filogeneettiset puut, biologit ottavat yleensä huomioon useita ominaisuuksia ja DNA-sekvenssejä useista geeneistä. Jos kyseessä on vain muutama laji, voit tehdä tämän analyysin silmällä; mutta kun lajien määrä kasvaa, kasvaa myös niiden mahdollisten evoluutiopuiden määrä, jotka voisivat yhdistää ne kaikki. Oikean puun määrittäminen perimisen perusteella voi nopeasti muuttua hyvin monimutkaiseksi ongelmaksi. Nykyään biologit käyttävät usein tietokonealgoritmeja, jotka lajittelevat nopeasti suuren määrän mahdollisia puita ja antavat jokaiselle pistemäärän sen perusteella, kuinka monta evoluutiomuutosta se edellyttäisi.
Pysäytyksen periaate on oletus, joka on todennäköisesti totta useimmissa tilanteissa, mutta sen ei tarvitse aina olla totta. On mahdollista, että lajiryhmän todellinen evoluutiohistoria ei ole vähiten muuttunut - koska evoluutio ei aina ole yksinkertaista. Toinen lähestymistapa suhteiden määrittelemiseen on ns. Maksimaalisen todennäköisyyden analyysi, joka käyttää tilastollista analyysiä sen määrittämiseksi, mikä evoluutiopuu on todennäköisin tai todennäköisin. Sekä korvauksella että suurimmalla todennäköisyydellä on omat kannattajansa ja kriitikonsa.