Monet luonnontieteiden opiskelijat ymmärtävät vertailevan kokeen perusajatuksen, koska nimi "vertaileva kokeilu" selittää enimmäkseen itsensä. Opiskelijat olisivat oikeassa määrittelemällä vertailevan kokeen kokeeksi, jossa verrataan kahden hoidon vaikutuksia. Kuten kaikilla tieteen aloilla, vertailevalla kokeella on kuitenkin etuja ja haittoja. Opiskelijoiden on ymmärrettävä nämä näkökohdat syvällä ennen kuin ymmärretään täysin vertailukokeilu itse.
Oikean kysymyksen esittäminen
Penn Statein mukaan vertaileva koe alkaa kysymyksellä tai hypoteesilla, jossa kysytään, kuinka kaksi tai useampi hoito vaikuttaa johonkin vasteeseen. Kun tiedemies haluaa tietää eron hoidon A ja B vaikutusten välillä riippuvaan muuttujaan C, hän suorittaa kokeen, jossa kaikki olosuhteet ovat samat, lukuun ottamatta yhtä: sille annettu hoito - A tai B aihe. Saatuaan kokeen tulokset tiedemies voi sitten verrata eroa riippuvassa muuttujassa C kullekin johtopäätöksen, että toinen hoito on tehokkaampi kuin toinen tai että molemmilla hoidoilla on suunnilleen sama tehokkuutta.
Avaimet
Vertailevan hoidon avaimet ovat kontrolli ja satunnaistaminen. Kontrollilla tarkoitetaan kaikkien muiden muuttujien pitämistä vakiona, jotka voivat vaikuttaa tulokseen. Esimerkiksi vertaileva koe, jossa verrataan kahden eri ravintoarvoisen ruokavalion vaikutuksia hiirien kasvun tulisi varmistaa, että hiiret syövät samanaikaisesti riippumatta siitä, mihin ruokavalioon he on määrätty syödä. Satunnaistamisella tarkoitetaan kokeen kohteiden, kuten hiirien, satunnaista osoittamista kahteen tai useampaan hoitoryhmään. Tämä satunnaistaminen sallii pätevät johtopäätökset ja tilastollisen analyysin eri hoitojen välillä.
Hyöty
Monille luonnontieteiden opiskelijoille vertaileva koe säästää aikaa. Tavallisissa ei-vertailevissa kokeissa käytetään "vertailua", joka viittaa ryhmään potilaita, jotka eivät saa hoitoa tai lumelääkettä. Tutkijoiden ei-vertaileviin kokeisiin osallistuvien tutkijoiden olisi suoritettava koe kahdesti, kerran jokaisen hoidon yhteydessä. Monille kokeille vain yhden kokeen suorittaminen voi kuitenkin olla merkittävä kustannus sekä ajassa että rahassa. Siten vertaileva koe voi säästää tiedemiehen vaivaa joutuessaan osoittamaan resursseja toiselle ajolle eri käsittelyllä.
Haittapuoli
Vertailevien hoitojen ei tarvitse sisältää kontrollia, mikä voi olla ongelma, jos molemmat hoidot tuottavat samanlaisia tuloksia. Esimerkiksi, jos kaksi erilaista injektiota johtaa samanlaiseen lisääntyneeseen aktiivisuuteen hiirissä, a tiedemiehellä saattaa olla houkutus päätellä, että molemmat injisoidut lääkkeet ovat tehokkaita yllyttämään toiminta. Totuus on, että ilman valvontaa tutkija ei voi tehdä tällaista johtopäätöstä, kuten muut tekijät saattavat olla vaikuttavat hiirien lisääntyneeseen aktiivisuuteen, kuten ahdistuneisuus injektiosta tai niiden käsitteleminen tutkijat. Vertailukokeessa rajoitetaan yleensä yhden hoidon suhteellisen tehokkuuden toteamiseen toiseen.