Elinympäristöjen tuhoutumisen ensisijainen vaikutus on biologisen monimuotoisuuden väheneminen, mikä viittaa eri eläin- ja kasvilajien monimuotoisuuteen ja runsauteen tietyssä ympäristössä. Kun eläin menettää luonnollisen kodin tai elinympäristön, jonka se tarvitsee selviytyäkseen, sen määrä vähenee nopeasti ja se siirtyy sukupuuttoon. On arvioitu, että 14000-35000 lajia on vaarassa kuolla sukupuuttoon, ja elinympäristöjen tuhoaminen on yksi tärkeimmistä syistä.
Pölytys ja siementen leviäminen
Sekä villi- että maatalouskasvit lisääntyvät riippuen pölytyksestä. Hedelmät ja vihannekset, jotka ovat ihmisen ruokavalion keskeisiä komponentteja, riippuvat mehiläisistä ja muista hyönteisistä siirtääkseen siitepölyä kukasta kukkaan. Kun elinympäristön tuho vähentää näiden pölyttäjien lajikkeita, myös sadon sadot laskevat. Esimerkiksi vain metsissä pesivät varpaiset mehiläiset lisäävät metsäpaikkojen lähellä sijaitsevien kahviviljelmien satoa 20 prosenttia. Monet kasvit luottavat siementen leviämiseen myös eläimiin, erityisesti hedelmiä syöviin. Tämän tyyppisten eläinten elinympäristön tuhoaminen voi vaikuttaa vakavasti niistä riippuvaisiin kasvilajeihin.
Ilmastoasetus
Biologinen monimuotoisuus vaikuttaa ilmastoon pääasiassa säätelemällä ilmakehän hiilidioksidimäärää. Metsäympäristöjen tuhoaminen vähentää metsien kykyä absorboida hiilidioksidia. Kasvin kasvuvauhti ja puumäärä määräävät hiilen vaihtuvuuden siinä. Maisemakuviot ovat myös tärkeitä, koska hiilen sitominen vähenee metsäpalojen reunoilla. Meriekosysteemeillä on myös merkittävä rooli hiilen sitomisessa.
Tuholaisten ja tautien torjunta
Tuholaiset kohdistavat usein tietyntyyppisiä kasveja. Kun elinympäristöjä tuhotaan ja kasvien monimuotoisuus vähenee, ympäristö sisältää enemmän tietyntyyppisiä kasveja. Tämä helpottaa tuholaisten leviämistä. Kasvien monimuotoisuus tarjoaa elinympäristöjä suuremmalle joukolle hyönteisiä ja muita eläimiä sekä tuholaisten luonnollisille vihollisille. Sienikasvien taudit ovat vakavampia monokulttuurialueilla, joilla viljellään yhtä lajia.
Epäsuorat vaikutukset
Elintarvikkeiden, vaatteiden ja suojan tuotanto ihmisille riippuu monilla epäsuorilla tavoilla ekosysteemien biologisesta monimuotoisuudesta. Viljelykasvien suuri monimuotoisuus suojaa viljelijöitä satovajeilta. Elinympäristöjen tuhoaminen ja lajien monimuotoisuuden vähentäminen voivat tehdä ekosysteemeistä alttiimpia invasiivisille lajeille ja vaikuttaa epäsuorasti ihmisten terveyteen ja hyvinvointiin. Invasiivisten lajien vaikutusta kuvaa se, mitä tapahtui, kun basso tuotiin Panaman Gatun-järvelle. Basson läsnäolo johti hyttystoen saalistajien vähenemiseen ja malarian esiintyvyyden lisääntymiseen.