Toisin kuin järvet ja lammet, joet ovat avoimia järjestelmiä, joissa tapahtuu usein vedenvaihtoa. Tästä tosiasiasta huolimatta joista riippuvat organismit tarvitsevat jonkin verran tasapainoa. Eri indikaattorit antavat mitan joen laadusta. Nämä mittaukset sisältävät liuenneen hapen, lämpötilan ja pH: n, joka mittaa vetyionipitoisuutta.
PH-arvon mittausasteikko on välillä 0 - 14, kun happoympäristö on 7 tai alle, ja lukema yli 7 osoittaa emäksisen ympäristön.
Nature-lehdessä julkaistu tutkimus linkitti Norjan jokien ja järvien happamuuden suoraan happosateeseen, joka tuhosi paikallisen lohen ja taimenen populaatiot.
Alhainen pH-taso aiheuttaa kalojen tappamisen stressaamalla eläinjärjestelmiä ja aiheuttamalla fyysisiä vaurioita, mikä puolestaan tekee niistä alttiimpia taudeille.
Muita ulkoisia tekijöitä, jotka voivat aiheuttaa vaihteluita joen pH: ssa, ovat maaperän valuminen, happamat kaivokset viemäröinti (AWD) ja fossiilisten polttoaineiden päästöt, kuten hiilidioksidi, joka muodostaa heikon hapon liuotettaessa jokeen vettä.
PH-tasojen testaus osoittaa näytteen happamuuden tai emäksisyyden. Jokilla on jonkin verran kykyä estää pH-muutokset joen pohjan rakenteen ja koostumuksen perusteella. PH: n rajuilla muutoksilla voi kuitenkin olla haitallisia vaikutuksia jokien terveyteen.
