Eri eläinten väliset suhteet luodaan taksonomian avulla. Taksonomia on elollisten luokittelu. Nämä luokitukset on jaoteltu seuraavasti suurimmasta ryhmittelystä yksittäisiin eläinlajeihin: kuningaskunta, turvapaikka, alalaki, luokka, järjestys, perhe, suku, laji. Eläimet, jotka ovat samassa lajissa, ovat hyvin läheisessä sukulaisuudessa, ja eläimet samassa valtakunnassa ovat hyvin kaukana toisistaan. Esimerkiksi kaikki eläimet ovat osa yhtä valtakuntaa, Animaliaa, ja kaikki kasvit ovat valtakunnassa Plantea.
Kaikki hämähäkit ja raput ovat Arthopodian suvussa, samoin kuin kaikki hyönteiset. Niveljalkaiset eroavat fyysisesti siitä, että niillä kaikilla on segmentoituneet, nivelletyt jalat ja niillä on luusto. Vaikka sekä raput että hämähäkit on ryhmitelty samaan turvapaikkaan, se ei tarkoita, että ne olisivat välttämättä läheisessä yhteydessä toisiinsa. Esimerkiksi kaikki eläimet, joilla on selkäranka, ovat Cordata-turvapaikassa. Mutta on selvää, että vaikka kaloilla ja apinoilla on piikit, ne ovat hyvin erilaisia.
Jako hämähäkkien ja useimpien rapujen välillä tapahtuu alipaikan tasolla. Hämähäkit ovat Cheilceratan alaryhmässä, kun taas suurin osa rapuista on Mandibulatan alalajissa. Ero on suurimmaksi osaksi se, että rapuilla on alaleuka, eräänlainen leuka, ja hämähäkeillä on kelikera, jotka ovat suun osia, jotka näkyvät suun edessä. Hämähäkkien "hampaat" ovat kelikoita.
Hevosenkenkäraput ovat samassa alalajissa kuin hämähäkit, Cheilcerata. Tämä tekee hevosenkengän rapuista läheisemmin sukulaisia hämähäkkeihin kuin ne ovat jopa muihin rapuihin. Hämähäkkien tavoin hevosenkenkärapuilla ei ole alalaajaa, vaan niiden sijaan suuosien edessä on kelikera. Hämähäkit ja hevosenkengän raput on jaettu luokan tasolla. Hämähäkit kuuluvat Arachnida-luokkaan, kun taas hevosenkenkäraput ovat Merostomata-luokkaan.
Aikaisemmin oli olemassa toinen huono olento, joka luokitellaan myös Cheilceratan alaryhmään. Näitä kutsutaan "meriskorpioneiksi". He kuolivat sukupuuttoon noin 250 miljoonaa vuotta sitten. Näillä "skorpioneilla" oli suurempi pistos hännän takana ja ne kasvoivat yli 6 jalan pituisiksi. Tämä tekee heistä mahdollisesti suurimman koskaan eläneen niveljalkaisen. Niiden sisällyttäminen Cheilcerata-alaryhmään tekee näistä muinaisista rapuista skorpioneista läheisemmän yhteyden hämähäkkeihin kuin rapuihin.