Fossiilisten tietojen mukaan planeetan lajien monimuotoisuus ei ole koskaan ollut vakaa. Sen sijaan monimuotoisuus nousi ja laski luonnollisissa jaksoissa, jotka kesti kymmeniä miljoonia vuosia. Ihmisten nykyään kohtaama ongelma on arvioitu lajien menetysaste, joka on lähes 1000 kertaa suurempi kuin historialliset. Biologisen monimuotoisuuden heikkeneminen käsittää muutakin kuin lajien häviämisen. Siihen sisältyy myös geneettisen monimuotoisuuden menetys lajien sisällä ja ekosysteemien menetys. Se voi tarkoittaa, että biologiselle monimuotoisuudelle on aiheutunut vahinkoa eikä se ole hävinnyt kokonaan. Ihmiset ovat aina hyödyntäneet luontoa, mutta kun maailman väestö on kasvanut räjähdysmäisesti viime vuosisatojen aikana, on myös ihmiskunnan vaikutus biologiseen monimuotoisuuteen.
Liikakäyttö
Lukuisat eläin-, selkärangattomat ja kasvilajit ovat sukupuuttoon tai uhanalaisia ihmisten hyväksikäytön vuoksi. Ihmiset käyttävät luonnonvaroja ruokaan, urheiluun, rakennusmateriaaleihin, lääkkeisiin ja kulttuuriin - ja tekivät niin paljon hylkäämällä ennen kuin yhteiskunnasta tuli ympäristötietoisempi. Ihmiskunnan yritykset ymmärtää ympäristöä alkoivat noin 160 vuotta sitten, ja biologista monimuotoisuutta koskevat kysymykset tulivat osaksi julkista keskustelua vasta 1900-luvun lopulla. Tähän mennessä biologisen monimuotoisuuden väheneminen oli jo tapahtunut paljon. Biologisen monimuotoisuuden väheneminen jatkuu nopeasti kasvavan ihmisväestön vuoksi. Elinympäristö vaurioituu vastaamaan kasvaviin maatalouden, kaupunkikehityksen, veden ja materiaalien tarpeisiin. Kaloja, villieläimiä ja kasveja korvataan liikaa huolimatta siitä, että on olemassa todisteita siitä, että monet korjuukäytännöt ovat kestämättömiä.
Saastuminen ja ilmaston lämpeneminen
Maa- ja vesiekosysteemien pilaantuminen fysikaalisilla epäpuhtauksilla, kuten kemikaaleilla, valolla ja melulla, sekä biologisella - saastuttavat aineet invasiivisten lajien ja tautien muodossa, on aiheuttanut ekosysteemin heikkenemistä muuttamalla lajien monimuotoisuutta ja biomassa. Tiedeyhteisö on edelleen jakautunut siitä, ajaako ilmansaaste yhdessä metsänraivauksen kanssa ilmaston lämpeneminen. Syystä riippumatta nykyisen ilmaston lämpenemisen nopea vauhti aiheuttaa ongelman biologiselle monimuotoisuudelle. On todennäköistä, että monilla lajeilla ei ole aikaa sopeutua elinympäristön muutoksiin ja ne rajoittuvat siten alkuperäisen elinympäristön pienempiin laastareihin tai sukupuuttoon. Tutkijat ennustavat, että ilmastonmuutos lisää luonnollisten häiriöiden esiintyvyyttä ja luo lisää stressiä biologiselle monimuotoisuudelle.
Ekosysteemien sietokyvyn menetys
Aina kun ihmiset vahingoittavat ekosysteemiä, ne lisäävät myös todennäköisyyttä, että biologinen monimuotoisuus vähenee vastauksena tuleviin ympäristömuutoksiin. Terveillä ekosysteemeillä on ominaisuuksia, jotka suojaavat niitä ympäristön muutoksilta. Näihin ominaisuuksiin kuuluu geneettinen monimuotoisuus, lajien sisällä ja välillä; ekosysteemien yhdistettävyys, termi, joka viittaa kasvien ja eläinten käytettävissä olevan ehjän elinympäristön määrään; ja laaja populaatioiden maantieteellinen jakauma. Monipuolinen geenivarasto varmistaa, että joillakin lajin jäsenillä on ominaisuuksia, jotka antavat heille mahdollisuuden selviytyä muutoksesta. Elinympäristöyhteydet takaavat, että ahdistuneilla ihmisillä on kyky siirtyä parempaan elinympäristöön. Suurelle maantieteelliselle alueelle levinnyt väestö on vähemmän alttiita paikallisille häiriöille verrattuna väestöön, jonka alue on rajattu pienelle alueelle. Aikaisemmat ihmisen toimet ovat vähentäneet merkittävästi nykypäivän ekosysteemien kykyä puskuroida ympäristömuutosta, kuten ilmaston lämpeneminen.
Poliittiset ongelmat
Tieteellinen tutkimus ja biologisen monimuotoisuuden seuranta ovat kalliita, joten tutkitaan vain pieni osa maailman biologisesta monimuotoisuudesta. Ihmisillä on huono käsitys biologisen monimuotoisuuden nykytilasta ja vähemmän ymmärrys siitä, miltä biologinen monimuotoisuus näytti ennen ihmisen vaikutusta. Biologisen monimuotoisuuden vähenemisen laajuuden tarkka arviointi on siksi rajallista. Koska päätöksentekijöille ei ole esitettävissä tieteellistä näyttöä, tiukalle ympäristölakille puuttuu usein tuki poliittisella areenalla. Ympäristölakeihin liittyvät sosiaaliset ja taloudelliset kustannukset ovat suuremmat joillakin yhteisön sektoreilla, mikä tekee näiden lakien täytäntöönpanosta kiistanalaisen kysymyksen. Näiden vaikeuksien vuoksi biologista monimuotoisuutta suojaavien lakien kehitys on hidasta ja usein riittämätöntä.