Maaperän pilaantumisella on monia syitä. Epäpuhtaudet voidaan viedä suoraan. Maaperä voi olla saastunut ilman pilaantumisesta, kun saostuminen kerää happamia yhdisteitä, kuten rikkidioksidia ja typpioksidia. Ihmisen toiminta, kuten kaivostoiminta, voi vapauttaa happaman vedenpoiston, jolla voi olla laaja-alaisia vaikutuksia. Maaperän pilaantumisella on syystä riippumatta kielteisiä vaikutuksia kasveihin ja kasvistoon sekä niistä riippuvaisiin organismeihin.
Mikro-organismit
Happamat maaperät, jotka syntyvät happamien yhdisteiden, kuten rikkidioksidin, kerrostumisesta, tuottavat happaman ympäristön, joka ei ole sietävät mikro-organismit, jotka parantavat maaperän rakennetta hajottamalla orgaanista ainetta ja auttamalla vedessä virtaus.
Fotosynteesi
Happosateiden saastuttamat maaperät vaikuttavat kasveihin häiritsemällä maaperän kemiaa ja vähentämällä kasvien kykyä ottaa ravinteita ja käydä fotosynteesissä.
Alumiini
Vaikka alumiinia esiintyy luonnossa ympäristössä, maaperän pilaantuminen voi mobilisoida epäorgaanisia muotoja, jotka ovat erittäin myrkyllisiä kasveille ja voivat mahdollisesti huuhtoutua pohjaveteen, mikä lisää niiden kasvua vaikutuksia.
Levä kukkii
Saastuneet maaperät, joissa on paljon typpeä ja fosforia, voivat huuhtoutua vesistöihin aiheuttaen leväkukintoja, mikä johtaa vesikasvien kuolemaan tyhjentyneen liuenneen hapen vuoksi.
pH
Hapan laskeutuminen maaperään voi haitata sen kykyä puskuroida maaperän pH-muutoksia, jolloin kasvit kuolevat epäystävällisten olosuhteiden vuoksi.
